rate4site. 보존 된 아미노산 사이트를 검출하는 프로그램
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rate4site. 설명

rate4site는 MSA (Multiple Sequence Alignment)에서 각 사이트의 상대적인 진화 속도를 계산하여 보존 된 아미노산 사이트를 검출하는 프로그램으로 개발되었습니다. 개요 : 진화 속도는 아미노산 부위 중 일정하지 않습니다. 일부 위치는 천천히 진화하고 일반적으로 "보존 된"것으로 언급되는 반면 다른 위치는 신속하게 진화하고 "변수"라고합니다. 비율 변동은 이러한 사이트에서 작용하는 정화 선택의 다른 수준에 해당합니다. 정화 선택은 단백질의 3D 구조로의 단백질의 접는, 효소 활성 또는 리간드 결합과 관련된 아미노산 부위의 제약, 단백질 - 단백질 상호 작용에 참여하는 아미노산 부위에서 제약 조건에 대한 기하학적 제약의 결과 일 수있다 ...에 rate4site는 확률 론적 기반 진화 모델을 사용하여 각 사이트에서 상대적인 진화 속도를 계산합니다. 이는 단백질 가정 및 가족의 단백질의 계통 발생 나무 내의 확률 적 공정을 고려할 수 있습니다. 사이트의 보존 점수는 현장의 진화 속도에 해당합니다. 방법론 : Rate4Site에 대한 유일한 의무 입력은 MSA 파일입니다. 그런 다음 프로그램은 사용 가능한 MSA와 일치하는 계통 발생 트리 (사용자가 사전 계산 된 트리를 입력 할 수도 있음)를 계산합니다. 그런 다음 MSA의 각 사이트의 상대 보존 점수를 계산합니다. 이는 경험적 베이지안 법 또는 최대 우도 방법 (Pupko et al., 2002)을 사용하여 수행됩니다.

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