 | cmview.연락처지도 시각화가 쉽습니다. |
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cmview. 설명
CMView는 편리하고 사용하기 쉬운 Java 기반, 대화 형 연락처지도 시각화 및 분석 응용 프로그램입니다. CMVIEW는 단백질 구조에서 아미노산 잔기 사이의 접점을 시각화하고 분석하기위한 소프트웨어 도구입니다. 공식적으로,이 네트워크는 각 잔여 물이 노드에 해당하는 그래프이고 두 잔기가 접촉하는 경우에만 가장자리에 의해 두 개의 노드가 연결되어있는 그래프입니다. 2 차원 구조에서 공간적으로 가까이있는 경우 두 잔류 물이 접촉하는 것으로 간주됩니다. CMVIEW에서 접점 정의는 2 개의 파생어로 지정됩니다 : 접촉 유형 및 거리 컷오프. 접촉 유형은 잔류 물의 원자의 서브 세트를 정의한다. 이어서이 하위 집합에서 두 개의 원자가 두 개의 원자가 밖으로있는 경우 두 잔기 I 및 J가 접촉시 멀리 떨어져 있습니다. 연락처 네트워크의 매트릭스 (공식적으로, 접촉 그래프의 인접 매트릭스)로서의 묘사는 접촉 맵이라 불린다. 주요 특징: 결합 된 접촉지도 및 3D 구조보기 (pymol 사용) 다양한 IM 및 내보내기 옵션 : PDB 파일, 온라인 PDB, 이미지 내보내기, CASP 예측 형식 및 기타 사용자 정의 연락처 정의가있는 연락처지도 계산 특징이 풍부한 3D 분자 시각화를위한 Pymol과의 통합 구조 및 접촉지도 내장 시퀀스 또는 구조적 정렬 거리 맵, 차이 맵, 접촉 밀도 분석
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