asatura. 뉴클레오타이드 서열에서의 포화도를 입증
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뉴클레오타이드 서열에서의 포화를 입증하는 일반적인 방법은 그들을 분리하는 진화의 거리에 대한 서열의 차이의 분수를 플롯하는 것입니다. 관찰 된 차이의 수 (예를 들어, 제 3 코돈 위치의 분획이 발생하면, 진화의 거리가 증가함에 따라 더 이상 증가하지 않을 경우, 서열은 포화된다. 동일한 기술은 아미노산 (AA) 서열에 적용될 수 있습니다. 우리는 ASATURA라는 Java 응용 프로그램을 개발하여 발생의 높은 확률 및 낮은 확률로 AA 대체를 차단합니다. 모든 AA 교체는 잘 알려진 PAM 및 블로 쿰과 같은 대체 확률 매트릭스에서 유추 된 돌연변이 확률에 따라 '빈번한'또는 '희귀'로 정의됩니다. 이 20 개까지 20 매트릭스는 서열이 특정 진화론 적 거리에 걸쳐 발산 한 것일 때 하나의 AA의 경험적으로 유래 된 확률을 다른 하나로 대체 할 확률을 제공합니다. Asatura 응용 프로그램은 이러한 확률에 따라 모든 대체품을 정렬하고 자주 흔하고 희귀 한 대체 사이에서 구분하는 확률 '컷오프'값을 선택할 수 있습니다. 각 시퀀스 쌍에 대해 프로그램은 관찰 된 빈번하고 희귀 한 AA 대체품의 숫자가 진화론적인 거리에 대해 플롯합니다. 대체 확률 '컷오프'값을 수정함으로써 빈번하거나 희귀 한 것으로 분류 된 AA 대체의 수를 변경할 수 있습니다. 이상적으로, '컷오프'값을 조심스럽게 선택하여 원래의 데이터가 포화 및 불포화 하나로 분리됩니다. PAM, 블로 소, MTREV24 및 JTT와 같은 가장 널리 사용되는 대체 가능성 매트릭스 외에도 사용자 정의 행렬이 사용될 수 있습니다.

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