사전 단백질 잔류 물 주석 툴킷
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사전 설명

PROSAT 툴킷은 사용자 제공되는 특징 (PSI-BLAST 프로파일 또는 PSIPRED 프로파일과 같은)을 사용하여 단백질 시퀀스에서 아미노산 잔기를 주석 처리하는 SVM 기반 모델을 구축 할 수있는 프로그램 일련의 프로그램으로 개발되었습니다. 특히, 툴킷은 잔류 물 주변의 창을 사용하여 기능을 구축하며 표준 SVM 커널 기능과 함께 전문 커널 기능 (정규화 된 2 차 지수 커널 기능 NSERE)이 장착되어 있습니다. PROSAT_Learn 는 n "one-vers-rest 분류 모델을 배우는 프로그램이며, 여기서 n은 가능한 숫자 숫자입니다. 또한 부동 소수점 값을 예측하기 위해 지원 벡터 회귀 모델을 배울 수 있습니다. 사용량 PROSAT_Learn PROSAT_PREDICT 는 내장 된 모델의 각 잔여 물에 대한 주석을 예측하고 L-XN 치수 프로파일을 출력하여 각 n 개의 opers- 각 아미노산 잔류 물과 L에 대한 SVM 모델은 단백질 서열의 길이입니다. 회귀 모델의 경우 n = 1입니다. 사용량 ProSat_Predict. 입력 ProSat_Predict에는 세 가지 필수 매개 변수가 있습니다. - 테스트 파일 : 테스트 파일은 주석 프로파일을 예측 해야하는 시퀀스 기능 목록을 제공합니다. 우리가 동일하게 예측하기 때문에 PROSAT_Learn에 사용 된 입력 파일과 유사합니다. - 모델 파일 : 모델 파일은 PROSAT_Learn에서 출력하는 모델 파일입니다. - 예측 파일 : 예측 파일은 주석 프로파일의 형태로 출력 예측의 경로와 접두사를 제공합니다. 출력 출력은 "num 요소"SVM 모델의 각 "num 요소"의 SVM 예측은 아무 것도 아니라 예정된 주석 및 프로파일 집합으로 구성됩니다.

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