PDB2PQR. 무료 다운로드, 소프트웨어 다운로드 시 PDB2PQR. 다운로드

Poisson-Boltzmann 정전기 계산의 설정, 실행 및 분석을위한 자동화 된 파이프 라인 PDB2PQR은 연속 정전기 계산을위한 구조물 준비의 많은 공통 작업을 자동화하는 공개 소스 및 무료 파이썬 소프트웨어 패키지로 PDB 형식으로 PQR 형식으로 변환하는 플랫폼 독립적 인 유틸리티를 제공합니다. · 제한된 생체 분자 구조물에 중실 된 중실 · 사이드 체인 PKA 결정 · 누락 된 수소 배치 · 양호한 수소 결합을위한 단백질 최적화 · 다양한 힘 필드에서 충전 및 반경 매개 변수 지정 요구 사항 : · 파이썬 이 릴리스에서는 새로운 기능 : 새로운 기능 : · html / master-index.html, html / index.php 삭제되었습니다. · GenPodoc.sh를 실행하여 PyDoc를 업데이트했습니다. · Atom Name과 잔여 물 이름 사이에 공백을두고 x와 y와 y와 z 사이에 공백을 올리면 공백 옵션이 추가되었습니다. · ligff.py의 염소에 대한 반경이 추가되었습니다. · PeoePB ForceField, Paul Czodrowski가 제공 한 데이터가 추가되었습니다. · APBS 입력 파일에 대한 정전기 잠재력을 쓸 수 있도록 inputGen.py 업데이트되었습니다. · 두 세트의 포스 포스터 린 매개 변수가있는 Charmm.dat를 업데이트했습니다. · aspino-only-outsign-only-asign-only 옵션을 사용하여 하나의 잔여 물이있는 아미노산 체인을 허용했습니다. · ligand 옵션이 usage.txt에 기록되도록 server.py.in을 업데이트했습니다. · HE21 업데이트 된 HE21, HE22 AMBER LEAP 프로그램의 결과에 따라 GLN에서 좌표를 좌우합니다. Manuel Prinz의 패치 (DistClean2를 제거하고 DistClean-Local에 내용을 추가)로 업데이트 된 Makefile.am 업데이트되었습니다. · Configure.ac, PDB2PQR-Opal.py 업데이트; Appservice_Client.py 및 AppService_Types.py가 Opal Services를 호출 할 때 이전에 문제가 해결 된 Samir Unni의 변경 사항을 추가했습니다. · Manuel Prinz에서 PDB2PKA / PMC_MULT.H 및 PDB2PKA / LIGAND_TOPOLOGY.PY에 2 개의 패치를 적용했습니다. · 매개 변수 소스로 PARSE.DAT를 업데이트하십시오. · NUMPY-1.1.0 패키지로 CONTRIB 폴더를 만들었습니다. PDB2PQR은 다음 조건 중 하나가 충족되어 있지 않으면 기본적으로 숫자로 설치됩니다. AutoConf가 검증 된 NUMPY의 작동 버전. 비. 사용자 요청 --Disable-PDB2PKA 옵션이있는 설치가 없습니다. 씨. 사용자가 외부 숫자 설치를 지정합니다. · Mermed Samir Unni의 지점. 이제 PDB2PQR OPAL 및 APBS OPAL 서비스가 가능합니다 (--with-opal 및 / 또는 --with-apbs, - 구성 단계에서 --with-apbs-opal 옵션). · 4자를 초과하는 잔여 물 이름에 대한 오류 처리가 추가되었습니다. · Mike Bradley의 Mike Bradley의 정의가 기본적으로 업데이트 된 HBond.py를 업데이트했습니다. ZSI 설치에는 필요하지 않은 PIXML-0.8.4가 제거되었습니다. · ADV 테스트를위한 Propka 오류 메시지 업데이트 - Propka는 Fortran 컴파일러의 버전이 필요합니다. · PDB2PQR은 3 개의 글자 RNA 잔류 물 이름 (ADE, CYT, GUA, THY, URA)을 처리하도록 NA.PY 및 PATCHES.XML을 업데이트했습니다. · H2 '의 대체 이름으로 추가 된 NA.XML을 H2' ''및 H5 "로 추가 한 H5"의 대체 이름으로 추가했습니다. · html / doc / pydoc /에서 버전 번호를 업데이트했습니다. · 업데이트 된 웹 서버. 웹 서버에서 사용자 정의 포스 필드 파일을 선택할 때는 사용자가 모두를 제공해야합니다. · 웹 서버 목록에서 http://enzyme.ucd.ie/services/pdb2pqr/을 제거했습니다. · 다른 유형 (리간드, 핵산)을 처리 할 때 단백질의 필요성을 제거했습니다. · Robert Konecny의 패치로 Psize.py를 업데이트하여 일부 (매우) 희귀 한 경우에 미세 그리드 번호의 일관성없는 할당을 해결합니다. · Command Line 및 Web Server 버전 모두에 사용할 수있는 WhiteSpace 옵션을 사용했습니다. · 최신 버전으로 inputgen_pka.py 업데이트되었습니다. 버그 수정: · 웹 서버가있는 레거시 버그가 수정되었습니다 (웹 서버는 Windows 또는 Old Mac OS 플랫폼에서 생성 된 리간드 파일이 생성되지 않습니다). · Configure.ac의 버그가 수정되므로 PDB2PQR이 더 이상 구성 단계에서 numpy.pth를 확인하지 않습니다. · PDB2PKA / Substruct / makefile.am 업데이트되었습니다. · isbackbone definitionss.py에서 고정 된 isbackbone 버그. · Hydrogens.py에서 Carboxylic 잔류 물에 대한 버그가 수정되었습니다. · 루틴의 버그가 고정되어 있으며, 이는 비틀 거리는 것보다는 Eclipsed Conformation에서 Leu와 ILE에 수소가 추가되었습니다. · configure.ac의 버그 수정, 이제 접두사 경로, 예를 들어 --prefix = / foo / bar // 다른 // 경로에서 이중 슬래시로 구성하는 것은 괜찮습니다. · 핵산 명명 계획의 버그가 수정되었습니다. · MET, GLY와 관련된 버그가 NTERM, CTERM을 사용하여 --FFOUT 옵션으로 고정했습니다. · Prose ForceField가있는 PRO의 PRO의 버그가 수정되었습니다. · Hackceptor로 ND1의 버그가 수정되었습니다. · --clean 옵션 버그가 수정되었습니다. · Charmm 명명 체계의 버그가 수정되었습니다. · 간단한 테스트 (단백질 데이터 뱅크의 1AF의 최근 수정)와 관련된 간단한 테스트의 Test.cpp에서 버그가 수정되었습니다.

PDB2PQR. 관련 소프트웨어