Molegro 가상 Docker 무료 다운로드, 소프트웨어 다운로드 시 Molegro 가상 Docker 다운로드

단백질 - 리간드 상호 작용을 예측하기위한 통합 플랫폼 Molegro Virtual Docker는 단백질 - 리간드 상호 작용을 예측하기위한 통합 플랫폼입니다. Molegro Virtual Docker는 표적 단백질의 잠재적 인 결합 부위를 결정하기 위해 분자의 준비로 인해 도킹 공정의 모든 측면을 처리하고 Ligands.Molegro 가상 Docker의 바인딩 모드의 예측을 통해 사용자에게 고품질 도킹을 제공합니다. 생산성 및 유용성에 초점을 맞추는 사용자 인터페이스 경험과 결합 된 새로운 최적화 기술. Molegro Virtual Docker (MVD)는 다른 최첨단 도킹 제품보다 높은 도킹 정확도를 산출하는 것으로 나타났습니다 (MVD : 87 %, 글라이드 : 82 %, Surflex : 75 %, Flexx : 58 %). 참고 : 응용 프로그램을 다운로드하려면 무료 평가판을 요청하고 평가판 라이센스 키를 저장해야합니다. 다음은 "Molegro Virtual Docker"의 몇 가지 주요 기능이 있습니다. 분자 수입 및 준비 : · 분자를 수입하고 준비하는 것이 쉽습니다. · 분자 구조 파일은 관련 부품 (리간드, 보조 촉진제, 물 분자 및 단백질)으로 파싱되며 자동으로 준비 할 수 있습니다. · 경고와 오류를 구문 분석하는 것은 편리한 계층 구조로 표시됩니다. · 내장 캐비티 검출기는 유망한 바인딩 위치를 식별하여 검색 공간을 가장 흥미로운 지역으로 제한 할 수 있습니다. · 양성자 마법사를 통해 잠재적 인 양성자 표적 (예 : 히스티딘 잔류 물)을 신속하게 식별하고 상황에 맞는 메뉴를 사용하여 양성자 상태를 신속하게 변경할 수 있습니다. 도킹 : 도킹 프로세스는 도킹 마법사를 통해 관리됩니다. 마법사를 사용하면 다음을 수행 할 수 있습니다. · 시뮬레이션에 포함 할 구조를 선택하십시오. · 잠재적 인 바인딩 영역을 선택하십시오 (MVD는 잠재적 인 바인딩 포켓이 자동으로 표시됩니다). · 검색 알고리즘 속성을 구성하고 클러스터링 및 데이터 로깅을 설정합니다. · 추가 제약 조건을 관리하십시오. · 기존의 준비 및 구조 정보가 누락 된 경고를 검사하십시오 (예 : 알려지지 않은 잔류 물). 분석: · 포즈 주최자를 사용하면 도킹 엔진이 반환 한 포즈를 탐색 할 수 있습니다. 도킹을 통해 포즈를 취할 수 있으며 수천 개의 리간드를 탐색 할 수 있습니다. · 다양한 에너지 용어와 상호 작용을 검사 할 수 있으며 더 진보 된 재류 및 결합 친 화성 측정을 계산할 수도 있습니다. 포즈 사이를 전환 할 때 수소 결합 및 정전기 상호 작용이 동적으로 업데이트됩니다. 시퀀스 및 구조 시각화 : · 시퀀스 뷰어를 사용하면 단백질에서 잔류 물을 신속하게 식별하고 선택할 수 있습니다. · 만화 시각화는 2 차 구조의 다른 지역을 강조 표시합니다. 제약 조건 : · 다양한 제약 조건은 에너지 경관 (예를 들어, 탐색 공간의 특정 영역을 보답함으로써) 또는 특정 상호 작용이 발생하지 않도록 강제하거나 방지 할 수 있습니다. · 제약 조건은 화학적 특성 (예 : 수소 결합 억 셉터 또는 링 원자) 또는 개별 원자를 각 리간드에 대해 특정 할 수 있습니다. 데이터 분석기 : · MVD의 데이터 분석기는 회귀 모델 (신경 네트워크 또는 다중 선형 회귀), 통계적 측정 추출 및 데이터 시각화를 만들 수 있습니다. · MVD 도킹 실행에서 도킹 된 화합물의 수치 특성을 예측합니다. 사용자가 만든 모델은 포즈 주최자에 직접 적용 할 수 있습니다. · 가져온 숫자 디스크립터 (예 : 타사 소프트웨어에서)를 사용하여 회귀 모델을 만듭니다. 관련 설명자를 찾는 기능 선택. · 디스크립터를 조작하거나 파생 된 디스크립터 작성을위한 대수 데이터 변환 플러그인. · 1D 플롯 (히스토그램), 2D 플롯 (X-Y 플롯) 및 3D 플롯. · 다양한 통계적 조치. 사이드 체인 유연성 : · MVD에서는 (PLP 잠재력의 허용 오차를 늘리거나 선택한 사이드 체인 상호 작용을 약화시킴으로써), 다양한 포즈를 도킹하고, 마지막으로 사이드 체인 구성을 최적화함으로써 잠재력을 연화시킴으로써 구현된다. 수용체 구조를 수동으로 최소화하는 것도 가능합니다. · 도킹 시뮬레이션이 완료된 후, 발견 된 포즈는 포즈 주최자에서 직접 일치하는 수용체 형태로 동시에 검사 할 수 있습니다. 템플릿 도킹 : MVD를 사용하면 도킹 템플릿에 대한 리간드를 도킹 할 수 있습니다. PharmaChores와 유사하게 템플릿은 관련 화학적 특성 (유사한 충전 및 수소 결합 기능)으로부터 구축되며 하나 이상의 리간드 컨포메이션에서 자동으로 생성 될 수 있습니다. 템플릿은 여러 가지 방법으로 사용할 수 있습니다. · 유연하게 많은 리간드를 정렬하고 (그리고 유사성 점수를 결정하십시오). · 템플릿 유사성 점수를 수용체 기반 도킹 스코어링 기능과 결합하여 도킹 시뮬레이션을 집중하거나 안내합니다. · 각 템플릿 포인트에서 미세한 유사성 점수를 추출하고 데이터 분석기 (3D QSAR)를 사용하여 회귀 모델을 만듭니다. 다른 특징들: · Mac (PowerPC 및 Intel), Linux (32 비트 및 64 비트) 및 Windows 시스템에서 실행됩니다. · 편집자가 내장 된 확장 가능하고 사용자 정의 가능한 매크로 시스템. · 사용자 정의 가능한 분자 표면 및 백본 표현. · 대칭 변환 정보가 들어있는 PDB 파일을위한 생체 분자 생성기. · 다양한 분자 특성을위한 고급 텍스트 라벨. · 온라인 도움말 및 자동 점검 업데이트. · MVD는 자체 스크립팅 언어 또는 외부 스크립팅 언어로 스크립팅 할 수 있습니다 (파이썬 래퍼 포함). · 수동으로 포즈를 수정하기위한 수정자를 포즈. 제한 사항 : · 30 일 평가판 기간. 이 릴리스에서는 새로운 기능 : · 그리드와 비 그리드 버전에서 사용할 수있는 식물 채점 기능의 구현. · Ant Colony Optimization 알고리즘을 기반으로하는 선택적 적응 형 샘플링 전략으로 새로운 도킹 검색 알고리즘을 반복했습니다. · Molegro 가상 그리드. 도킹 실행을 배포하는 새로운 인프라. · 새로운 내장형 raytracer가 발행 품질 그래픽을 만들 수 있습니다. · 사소한 사용자 인터페이스 개선 및 버그 수정 (자세한 내용은 릴리스 정보 참조).

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