DomainFinder. 단백질의 동적 도메인의 결정과 특성을위한 대화 형 프로그램
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DomainFinder. 설명

단백질의 동적 도메인 결정 및 특성을위한 대화 형 프로그램 DomainFinder는 두 개의 실험 구조를 비교하거나 효율적인 정상 모드 기술을 단일 구조에 적용하여 대형 단백질에서 집단 운동을 분석하는 대화 형 프로그램입니다. 몇 분 안에 수천 개의 잔류 물을 수천 잔제로 처리 할 수 있습니다 .Dynamical Domain은 단백질 역학에 대한 설명에서 중요한 개념입니다. 동역학 도메인은 본질적으로 다른 영역에 비해 강체처럼 움직일 수있는 단백질의 영역입니다. 많은 사람들이 아니라 모든 것이 아니라 단백질은 역 동성 도메인을 가지고 있으며, 그들이하는다면, 도메인의 상대적인 움직임은 대개 단백질의 기능과 관련이 있습니다. 따라서 동적 도메인의 식별은 단백질의 기능을 이해하는 데 유용합니다. 그러나 동적 도메인에 대한 지식이 도움이되는 다른 상황이 있습니다. 구조 결정에서 DomainFinder는 결정 포장, 리간드 또는 다른 외부 영향으로 복합성이 중요한 구조적인 변화로 이어질 수 있는지 여부를 쉽게 예측할 수 있도록 도와주는 것으로써 단백질 공학을 통해 주어진 수정이 단백질. 단백질 운동의 실험적 관찰에서, 그것은 특정 관심의 영역을 제안 할 수 있습니다. 숫자 시뮬레이션에서 올바른 샘플링을 확인 해야하는 느린 동작을 지적 할 수 있습니다 .DomainFinder는 특히 과학 계산의 요구에 적합한 고급 객체 프로그래밍 언어 인 Python으로 작성됩니다. 속도 중요 부품은 C로 구현됩니다. 일반적인 작업은 분자 모델링 및 시뮬레이션 응용 프로그램 용 Python 코드 라이브러리 인 Molecular Modeling Toolkit을 사용합니다. 도메인 분석의 결과는 MMTK 데이터 파일의 모든 세부 정보로 저장할 수 있으므로 모든 종류의 추가 분석을 허용합니다. 다음은 "DomainFinder"의 몇 가지 주요 기능입니다. · 계산 효율 : 몇 분 안에 바탕 화면 컴퓨터를 사용하여 대형 단백질조차도 분석 할 수 있습니다. · 사용 편의성 : 최첨단 그래픽 사용자 인터페이스 · 시각화 및 추가 분석 결과 수출 (VRML, PDB 및 MMTK 객체 형식)

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