노보 프레프 기준 게놈에 대한 짧은 읽기의 정확하고 고속 정렬을 위해 설계된 일련의 프로그램.
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노보 프레프 설명

짧은 읽기의 정확하고 고속 정렬을 위해 설계된 일련의 프로그램. NovoCraft는 게놈을 참조하는 짧은 읽기의 정확하고 고속 정렬을 위해 설계된 일련의 프로그램을 제공하는 패키지입니다. 새로운 특징은 정렬을위한 참조 서열에서 읽기 및 모호한 뉴클레오타이드 코드에서 기본 품질의 사용을 포함합니다. 다음은 "Novocraft"의 몇 가지 주요 기능이 있습니다. Novoalign - 단일 및 페어링 된 엔드 짧은 읽기에 대한 우리의 정렬 장치 : · Gziped 입력 파일 지원 (상업용 버전 전용, 평가판 라이센스 요청) · 5 '어댑터 스트리핑 옵션 (상업용 버전 전용) · 추가 성능을위한 멀티 스레드 (상업용 버전 전용) · 전체 색인 보조 venshch 정렬, 아핀 갭 페널티 및 품질 기반 득점 · 피레드 스타일 득점 및 정렬 자질 · Novoalign은 반복적 인 정렬 프로세스에 대한 지원을 제공 할 수 있습니다. · 멀티 프로세싱에서 재사용을 위해 공유 메모리로로드 된 인덱싱 된 게놈 · FASTA, FASTQ, SOLEXA FASTQ, PRB 입력 형식을 사용할 수 있습니다. · 여러 양호한 정렬이있는 읽기는보고 할 수 있습니다 : 없음; 하나의 무작위 선택; 또는 모든 정렬. · 최대 phred 점수 p (r | ai)까지 모든 정렬을보고하는 옵션 · 후방 정렬 확률 (품질 점수) 및 필터. · 게놈의 소문자 마스킹을 지원합니다. · 다양한 읽기 길이를 지원합니다 · 작은 RNA를 위해 어댑터 스트리핑을 읽습니다 · 반복적 인 읽기 트리밍 · 'NOVO2MAQ'를 사용하여 MAQ와의 통합 · 양쪽 끝에있는 가득 차있는 니들 맨 - 위그시치. 양쪽 끝이 틈을 가질 수 있습니다. · 구조적 변이 패널티를 받아들이고 Fragment Length Distribution을 적합한 최상의 쌍보다 SV 페널티의 총 점수가 낫다면 최상의 정렬이 두 가지 독립적 인 종료일 수 있습니다. · 초기 단편 길이 크기는 평균 및 표준 편차로 입력됩니다. 이 후 프로그램은 고품질 쌍의 실제 단편 길이로부터 배우고, 점차적으로 조각 길이 분포와 실제 정렬을 일치시키는 페널티를 조정합니다. ·이 정렬 장치는 454 또는 ABI 고체에서 읽는 것이 적합하지 않습니다. novobarcode (베타) - NovobarCode는 "바코드"태그에 따라 읽기를 분류합니다. · 분류는 기본 품질 값을 사용합니다. · Cassity PRB, FASTA 또는 FASTQ 형식이 읽을 수 있습니다. · 단면 또는 페어링 된 엔드 읽기를 분류 할 수 있습니다. Novo2MAQ - Novoalign 보고서를 MAQ 맵 형식으로 변환하는 변환 유틸리티 : ·이 도구는 MAQ 소스 코드를 기반으로하며 소스 파일로 제공됩니다. 포스트 정렬 처리를 위해 MAQ 유틸리티를 사용할 수 있습니다. · NovoIndex - NovoIndex는 정렬 프로그램의 대상인 참조 서열 세트의 K-MER 인덱스를 빌드합니다. · 참조 시퀀스는 인덱스의 기본 당 4 비트로 인코딩됩니다. 인덱스 구조체는 K-MER 당 최대 2 개의 IUB 모호한 코드를 유지하고 중복하여 인덱스합니다. 이것은 특히 모호한 NA 코드의 상당한 비율이있는 일부 식물 및 미생물 게놈에서 특히 유용합니다. · 소문자 마스킹 옵션은 k-mer 인덱싱을 대문자로 제한합니다. 정렬, 특히 페어링 된 끝은 소문자 영역으로 확장 될 수 있습니다. · 메모리 사용이 중요한 경우 인덱스는 정렬 감도에 영향을 미치지 않고 K-MERS를 건너 뛸 수 있습니다. 예를 들어, 5 번째 14-MER마다 인덱싱 할 수 있습니다. 이를 통해 인간 게놈의 인덱스가 6GBytes 이하의 RAM으로 지어 질 수 있습니다. (k = 14, s = 3) · 정렬 프로그램의 민감도 및 특이성은 인덱스 K-MER 길이의 영향을받지 않습니다. 이 릴리스에서는 새로운 기능 : · 페어링 된 엔드 읽기에 대한 품질 점수가 향상되었습니다.

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