opencdsurf. CD 공동 접근성을 계산합니다
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opencdsurf. 설명

OpenCdsurf는 Cyclodextrin (CD) 유도체에서 캐비티 접근성을 계산할 수있는 오픈 소스 도구로 특별히 개발되었습니다. OpenCdsurf는 이전에 PDB 파일 모음으로 변환 된 분자 역학 (MD) 궤도의 출력을 처리하는 것을 목표로 개발되었습니다. 이 프로그램은 자동으로 PDB 파일에서 각 개별 CD를 자동으로 식별하며, 그것이 단독으로인지, 파생상의 부가체에 관계없이, 거대 분자 부가 물에 포함되거나 그 캐비티의 용제 접근 가능한 표면을 계산합니다. 이 작업을 수행하기 위해 각 CD 공동은 먼저 산소 원자로 채워집니다. 이어서, Zhang Lab에서 개발 된 EDTSurf 알고리즘은 이러한 원자의 용매 접근성 표면 (SAS)을 계산하여 결국 공동에 대한 액세스를 방해 할 수있는 환경에 존재하는 다른 원자를 고려하여 다른 원자를 고려해야합니다. 설탕 모노머 자체의 원자 또는 CD 코어에 연결될 수있는 다른 잔기. OpenCdsurf는 명령 줄 인터페이스를 통해 제어됩니다.

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