jmotu. 바코드 DNA 시퀀스 데이터 분석이 쉽게되었습니다.
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jmotu. 설명

JMOTU는 바코드 DNA 시퀀스 데이터를 분자 작동 분류 단위 (MOTU)로 클러스터링 할 수 있도록 특별히 고안된 편리하고 사용하기 쉬운 패키지입니다. MOTU가 무엇인지 확실하지 않은 경우 웹 사이트의 DNA 바코드 페이지를 참조하십시오. Jmotu는 다음을 수행합니다. · FASTA 또는 NEXUS 형식으로 입력 시퀀스를 읽습니다 · BLAST와 NEEDLEMAN-WUNCH 정확한 전역 정렬 알고리즘의 조합을 사용하여 시퀀스 쌍 사이의 거리를 계산합니다. · 다양한 컷오프 조치를 사용하여 MOTU에 입력 시퀀스를 클러스터링합니다. JMOTU는 대규모 데이터 세트를 처리하고 일련의 필터링 단계를 사용하여 수행 해야하는 정확한 전역 정렬 수를 최소화합니다. 쌍으로 거리를 계산할 때, JMOTU는 갭을 무시하고 뉴클레오타이드 오치 일치만을 계산하므로 단독 중합체가 실행되는 시퀀싱 오류로 상대적으로 견고합니다. 클러스터링은 입력 시퀀스 순서에 종속되지 않는 탐욕스러운 알고리즘을 사용하여 수행됩니다. JMOTU는 약 50,000 개의 입력 시퀀스의 원시 데이터 세트에서 테스트되었으며 글로벌 분석을 위해 결합하기 전에 데이터 서브 세트의 전제품을 예리하게 지정하여 더 큰 데이터 세트를 클러스터링 할 수 있습니다.

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