dnadistree. DNA 서열로 인한 거리 기반 계통 발생 소프트웨어.
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dnadistree. 설명

DNADistree는 종 사이에서 정확한 토폴로지 관계를 표시하는 거리 기반 계통 발생 나무를 추론하도록 설계되었습니다. 보다 정확하게, dnadistree는 여러 단계를 수행합니다. 1. DNA 서열 정렬 (뉴클레오타이드 또는 코돈)을 읽습니다. 2. 그것은 각각의 시퀀스 쌍 사이의 편견없는 쌍으로 거리를 추정합니다. 이 목표를 위해 Dnadistree는 DNA 또는 코돈 모델의 진화론 모델을 기반으로 수많은 수식을 사용합니다 (자세한 내용은 여기에서 참조). 3. 4 개의 응집 알고리즘 덕분에 계통 발생 나무를 만듭니다. 4. 거리 매트릭스 및 / 또는 거리 기반 나무와 관련된 통계적 조치를 계산합니다. 그럼에도 불구하고 Dnadistree는 견고한 분기 길이를 추정하도록 설계되지 않았습니다. 더 정확한 거리 또는 ML 기반 분기 길이 추정치를 위해 사용자 트리로 Dnadistree에서 추론 된 나무가있는 Fitch (Phylip 패키지에서), FASTME, Phyml 또는 PAML을 사용하는 것이 좋습니다. Dnadistree에게 정말로 무엇을 할 수 있는지 알아보기 위해 노력하십시오!

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