 | MassChroq.대량 크로마토 그램 정량화 소프트웨어 |
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MassChroq. 순위 및 요약
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MassChroq. 태그
MassChroq. 설명
MassChROQ는 액체 크로마토 그래피 - 질량 분석법 (LC-MS) 기술에서 얻은 데이터에 정량화를 수행하는 전문적이고 다양한 장비입니다. MassChROQ는 정렬, XIC 추출 및 피크 탐지를 수행하는 데 사용할 수도 있습니다. 또한, MassChroq는 다음과 같이 사용될 수 있습니다 : · 고 및 저해상도 분광계 시스템에서 얻은 데이터를 분석합니다. · 라벨이없는뿐만 아니라 동전자로 표시된 데이터 (예 : Silac, ICAT, N-15, C-13 등)를 분석합니다. · 시간을 효율적으로 하나의 샷에서 다르게 분석 된 샘플을 다르게 처리하고 (유사한 샘플을 그룹화하고 각 그룹의 분석을 매개 변수화 할 수있는 가능성을 제공함으로써). · LC-MS 분석 (SCX, SDS-PAGE 등) 이전에 펩티드 또는 단백질 분획 화 된 복잡한 데이터 처리를 고려하십시오. 주요 특징: MZXML 및 MZML LC / MS 데이터 형식의 파싱. 샘플의 모든 펩타이드 및 / 또는 주어진 질량의 충전 (M / Z) 값 및 / 또는 (m / z, 보존 시간) 값 쌍의 주어진 목록의 정량화. 식별 된 펩타이드는 X! 탠덤 파이프 라인 (식별을 수행하고 MassChroqml 형식으로 결과를 수행하고 다른 식별 소프트웨어에서 얻은 식별 결과가 포함 된 TSV (탭 분리 값) 파일을 통해 MassChroq의 분석을 자동으로 대형으로 통합 할 수 있습니다. . 두 개의 정렬 방법을 사용할 수 있습니다. MS 레벨 1 데이터를 기반으로 한 타사 OBI-Warp Alignment는 MassChROQ에 통합되어 있으며, 자체는 MS 레벨 2 정보를 기반으로 MS2 정렬을 개발했습니다. MassChROQ의 정량화는 XIC (추출 된 이온 크로마토 그램)에서 수행된다 : XIC 추출 및 여과 후, 형태 학적 변환을 이용하여 피크가 검출된다 (자세한 내용은 사용자 설명서 참조). 피크 영역 (즉, 정량화 값)과 경계가 계산됩니다. 피크 매칭은 다음과 같이 (Alignment If Alignment After) 수행됩니다. 검출 된 피크는이 펩타이드의 (정렬 된) 보유 시간이 피크 경계 내에 위치하는 경우에만 확인 된 펩티드에 할당됩니다. MassChROQ의 피크 매칭은 2 라운드에서 수행 될 수 있으며, 정량화 동안 첫 번째는 정량화가 완료되면 사용자는 이전에 일치하는 피크의 보유 시간을 고려하여 개선 된 피크 매칭 라운드를 개선 할 수 있습니다. 다양한 XIC 필터를 사용할 수 있습니다 : 이동 중앙 / 평균 필터를 움직이는 신호, 배경 및 기준 잡음 제거 필터, 스파이크 필터, 일부 고해상도 분광계, 형태 학적 필터 등으로 인한 스파이크를 제거합니다. 사용자는 TSV, Gnumeric, XHTML 및 MassChroQML 형식으로 결과를 내보낼 수 있습니다. 통계 소프트웨어 (예 : R) 또는 수동 / 시각적 탐사에서 자동 사용을위한 준비가되었습니다. 낮은 및 고해상도 질량 분석기에서 얻은 복합 라벨이없는 데이터에 대한 MassChROQ의 대산 MassChROQ의 평가는 기술 재현성 (1.4 %)의 낮은 CV의 측정 및 단백질 수량 (0.98) 에 대한 상관 관계 계수를 허용했다.
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