 | IDEOGRBOWSERAffymetrix SNP 배열을 사용하여 게놈 수차 시각화를위한 Java 도구 |
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IDEOGRBOWSER 순위 및 요약
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IDEOGRBOWSER 설명
IDEOGRBOWSER 는 Affymetrix 염색체 복사 번호 분석 도구에서 출력 파일 세트를 쉽게 비교하는 데 쉽게 비교할 수 있습니다. 이형 접수 (LOH) 또는 손실 / 이득 마커의 손실은 유전자와 함께 핵형 표현에서 해당 염색체 영역에 대해 플롯됩니다. 특징: * Karyogram에서 SNP 마커의 플로팅 (항상 NCBI Mapview 빌드 36.2 데이터베이스의 IDEOGR 테이블에서 생성 된 새로 생성). 기본 데이터베이스를 변경하려면 부록 A를 참조하십시오. * 10K, 50K, 100K 및 500K의 SNP 어레이 크기는 CNT 파일 형식 (버전 1.0 및 1.1)에서 Affymetrix 복사 번호 분석 도구 (CNAT 3 및 CNAT 4)에서 직접 가져올 수 있습니다. * 일반 탭 구분 된 텍스트 파일 형식은 외부 데이터를 가져 오기 위해 가져올 수 있습니다 (예 : Microsoft Excel과 같은 스프레드 시트 응용 프로그램에서 생성). 따라서 소프트웨어는 Affymetrix SNP 어레이 및 Affymetrix Copy Number Analysis Tool (CNAT 3 및 4)에만 국한되지 않습니다. SNP 분석은 예를들 수 있습니다. 배열 CGH 데이터가 있습니다. 새로운 CNAT 4 형식은 LOH 마커를 두 번째 파일로 분할합니다. 파일에 동일한 접두사가있는 경우 LOH 파일은 복사 번호 (CN) 파일을 열 때 자동으로로드됩니다. * NCBI Mapview 데이터베이스의 로컬 복사본에서 유전자 마커의 플로팅 (빌드 36.2) * 배치 처리 / 여러 파일 가져 오기. 분할 파일의 병합. * log2ratios, loh (이형 접지 손실), 스파 (단일 점 해석 복사 번호) 및 GSA (게놈 부드러운 복사 번호) 값은 마커 생성에 대한 GSA (게놈 평활화 된 복사 번호) 값 (Latter는 10K SNP가 넘는 칩에만 사용할 수 있습니다). * 필터링 기능을 통한 소음 감소 * Conensus 지역 표현. * http://www.genecards.org에 대한 링크 * JPG, SVG 및 PDF 형식으로 내보내십시오. * 인쇄 기능 (컵과 조합 된 Linux에서 인쇄가 작동하지 않을 수 있습니다. 이것은 Java 1.5 / 컵 문제입니다 : Diagrams를 PDF로 내보내고 Acrobat Reader를 사용하여). * 등.
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