Gz-gamma. 각 아미노산 부위에서 예상되는 치환 수의 추정
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Gz-gamma. 순위 및 요약

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Gz-gamma. 설명

GZ-GAMMA는 각 아미노산 (뉴클레오타이드) 부위의 예상치의 치환 수를 추정하기 위해 개발되었으며, 이들의 계통 발생 관계가있는 조상 서열 추론 및 최대 우도 추정의 조합을 사용하여 부위 간의 속도 변화를위한 감마 형태의 매개 변수를 추정하기 위해 개발되었다. 상 동성 서열은 알려져 있습니다. 이 패키지에는 Amino Acid Sequences 용 gz-aa.exe 및 C 언어로 인코딩 된 DNA 시퀀스의 gz-dna.exe의 두 가지 프로그램이 있습니다. 프로그램을 사용하려면 아미노산 (또는 뉴클레오타이드) 시퀀스와 이러한 서열의 트리 토폴로지가 포함 된 하나의 입력 파일이 필요합니다 (예를 들어 ATP6.AA 참조). 이 파일은 두 개의 숫자로 시작됩니다. 시퀀스 수와 아미노산 또는 뉴클레오타이드 사이트 수 (시퀀스 길이). 두 번째 줄은 첫 번째 시퀀스의 이름이고 세 번째 줄은 첫 번째 시퀀스가 될 것입니다. 각 시퀀스는 중단없이 라인을 차지해야합니다. 20 개의 아미노산 (또는 4 개의 뉴클레오타이드)에 대한 편지 (대문자)만이 서열에서 허용됩니다. 틈 또는 다른 기호가 이미 제거되어야합니다. 파일의 마지막 줄은 시퀀스의 트리 토폴로지입니다. 트리 형식은 Phylip 패키지에서 사용되는 것과 동일합니다. 트리가 풀리지 않으므로 가장 깊은 분기 노드에 대해 BIGING이 필요하지 않고 트리닝이 필요합니다.

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