 | Bioimagexd.이것은 다차원 생물 의학 이미지의 분석 및 시각화를위한 무료, 오픈 소스 소프트웨어입니다. |
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Bioimagexd. 순위 및 요약
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Bioimagexd. 설명
BioImageXD는 다차원 이미지 데이터를 처리, 분석 및 시각화하기위한 소프트웨어 패키지입니다. 이름에서 알 수 있듯이 소프트웨어는 주로 생물학적 데이터, 예를 들어 살아있는 세포의 공 촛점 현미경 이미지를 위해 의도되었지만 모든 종류의 다차원 이미지 데이터로 작업하는 데 완전히 적합합니다. BioImageXD는 단일 큰 창을 기반으로하는 간단하고 직관적 인 사용자 인터페이스를 가지며 그 작업은 일관되고 기능적으로 설계되었습니다. BioImageXD는 고급 파일 입출력 기능과 다중 시각화 모드 (간단한 2D 슬라이스 뷰에서 고급 3D 렌더링에 이르기까지)를 제공합니다. 이들은 수많은 작업 모드 (채널 병합, colocalization 분석, 강도 보정 포함 및 노이즈, 세그먼테이션, 추적, 측정 등 다양한 필터 포함)와 자유롭게 결합 될 수 있습니다. 내장 된 Animater는 카메라 경로 SMS 시간 점 변경 및 각도보기를 완전히 제어 할 수 있으므로 멋진 움직임을 만들 수 있습니다. 주요 특징: 이미지보기 : 일반적인 현미경 포맷 (또는 이미지의 이미지 또는 스택 및 시계열)의 데이터를 열고 이미지로 데이터 이미지를 봅니다. 이미지 처리 : 색상 / 밝기 / 대비 / 감마, 데이터 세트 / 채널의 색상 또는 팔레트를 변경하고, 노이즈를 필터링하고, 시계열 데이터의 형광 표백을 위해 올바른 경우. 3D 볼륨 렌더링 : 3D 데이터 세트는 대화식으로 렌더링 된 볼륨 일 수 있습니다 영화 제작 : 애니메이터 모듈을 사용하여 3D 데이터 주변의 카메라 경로를 설정하고 원하는 방식으로 확대 / 축소하지만 비행하는 영화를 만드십시오. 시계열 데이터가 "4D 데이터"가 지원됩니다. colocalisation 분석 : 우리는 공 촛점 현미경을 사용하는 세포 생물 학자들이 항상 colocalisation을 찾고 있습니다! 우리의 colocalisation 도구를 사용하면 멀티 채널 3D 데이터 세트에서 신호 강도의 colocalisation을 분석하고 z-stack 투사 이미지에서 볼 수있는 colocalisation의 문제를 피하고 양의 양과 품질에 대해 열심히 숫자를 제공하는 통계 분석을 수행 할 수 있습니다. 귀하의 데이터의 colocalisation. 비슷한 알고리즘을 ImageJ에있는 것, 예를 들어 Costes et al. 의 방법을 사용하여 자동 colocalisation 임계 값을위한 WCIF 플러그인을 사용합니다. AFM 이미지보기 : 원자력 현미경 및 관련 이미징 기술은 3D 표면으로 렌더링 될 수있는 이미지를 만듭니다. 우리는 또한 유용한 이미지 필터 등을 추가 할 수 있습니다. 어쩌면 어떤 종류의 AFM 모양 - PDB 또는 Cryoem 구조 / 모델 피팅 도구가 있습니다. 공 촛점 3D 데이터 세트가있는 셀 표면 높이 이미지의 Comaprison. 다중 프로세서, 병렬 컴퓨팅, 클러스터 및 슈퍼 컴퓨터 : FINHPC 프로젝트의 일부로 BIOIMAGEXD가 이미지 처리 및 기타 기능을 병렬로 실행하고 CPU 특정 Viftered 코드 (G4 및 G5의 AltiVec / Velocity Engine 및 IX86의 MMX SSE SSE2 SSE3의 MMX SSE SSE2 SSE3)를 사용하여 데스크탑에서 대형 메모리가있는 컴퓨터, 클러스터, 워크 스테이션, 서버 및 수퍼 컴퓨터
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