 | BN-BS.동의어 및 비 익명 대체면에서 지점 길이를 추정합니다. |
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BN-BS. 순위 및 요약
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BN-BS. 설명
BN-BS 애플리케이션은 사이트 당 동의어 및 비 익명 대체 대체면에서 지점 길이를 추정하기 위해 개발되었으며 트리 토폴로지가 주어진다. 이 프로그램은 수정 된 Nei-Gojobori 방법을 사용하여 현재 시퀀스 간의 쌍의 동의어와 비 익명 거리를 추정 한 다음 일반 최소 제곱 방식을 사용하여 분기 길이와 그 차이를 추정합니다. 프로그램을 사용하려면 단백질 코딩 DNA 시퀀스가 포함 된 입력 파일이 필요합니다 (예를 들어 infile 참조). 이 파일은 시퀀스 당 시퀀스 수와 뉴클레오티드 수 (시퀀스 길이)로 시작합니다. 두 번째 줄은 첫 번째 시퀀스의 이름이고 세 번째 줄은 첫 번째 시퀀스가 될 것입니다. A, G, C, T, A, G, C 및 T만이 시퀀스에서 허용됩니다. 갭을 제거하고 시퀀스를 미리 정렬해야합니다. 파일의 마지막 줄은 시퀀스의 트리 토폴로지입니다. 트리 형식은 Phylip 패키지 (Felsenstein 1995)에서 사용되는 것과 동일합니다. 트리가 풀리지 않으므로 가장 깊은 분기 노드에 대해 BIGING이 필요하지 않고 트리닝이 필요합니다.
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