 | 항해자단백질 - 단백질 상호 작용 네트워크 시각화 소프트웨어. |
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항해자 순위 및 요약
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항해자 태그
항해자 설명
Navigator는 단백질 - 단백질 상호 작용 네트워크를 시각화하고 분석하는 데 도움이되도록 특별히 고안된 편리하고 사용하기 쉽습니다. Navigator는 상호 작용 데이터의 온라인 데이터베이스를 쿼리하고 2D 또는 3D의 네트워크를 디스플레이 할 수 있습니다. 확장 성 및 성능을 향상시키기 위해 Navigator는 Java와 OpenGL과 결합하여 여러 하드웨어 플랫폼에서 2D / 3D 시각화 시스템을 제공합니다. 이 도구는 또한 분석 기능을 제공하고 Go 및 PSI (Proteomics Standards Initiative)와 같은 표준 가져 오기 및 내보내기 형식을 지원합니다. 주요 특징: Navigator는 OpenGL에서 구현 된 시각화 시스템을 Java로 구현 한 그래픽 사용자 인터페이스 및 분석 알고리즘과 결합합니다. 네트워크는 파일 (탭으로 구분 된, 네비게이터 XML, BioPax 또는 PSI 형식)에서로드 할 수 있거나, OPHID / I2D (Internogous Interaction Database - 알려진 온라인 데이터베이스)에 시각적 쿼리를 실행하여 동적으로 생성 할 수 있습니다. HTP, 인간, 쥐, 마우스, 비행, 웜 및 효모에 대한 예측 된 단백질 - 단백질 상호 작용) 또는 CPATH. Navigator Workspace는 노드 및 가장자리를 절단, 복사 및 붙여 넣기하여 조작 할 수있는 여러 네트워크 패널을 지원합니다. 네트워크는 탭으로 구분 된, 네비게이터 XML, PSI 또는 PAJEK 형식 및 다중 그래픽 형식 (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF)으로 내보낼 수 있습니다. 네트워크는 2D 및 3D에서 볼 수 있습니다. 노드는 자동 포력 - 지시 레이아웃 및 수동 배치의 혼합물을 사용하여 위치 할 수 있습니다. 사용 된 자동 레이아웃 알고리즘 중 하나는 그립 (지능형 배치가있는 그래프 그리기) 고도로 상호 연결되는 서브 네트워크 및 허브 인 노드 (즉, 다른 많은 노드와 상호 작용)는 분석을 돕기 위해 자동으로 식별 될 수 있습니다. 노드 그룹은 수동으로 또는 자동화 된 방식으로 복합 노드로 축소 될 수 있습니다. 네트워크의 하위 집합은 노조, 교차 및 차이와 같은 표준 설정 작업을 사용하여 북마크하고 조작 할 수 있습니다. 노드와 모서리의 불투명도는 네트워크의 요소의 대비를 변경하고 선택한 요소를 강조하도록 조정될 수 있습니다.
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