피크 파인더 효모 칩 마이크로로리 데이터의 피크 (응집체 결합 사이트)를 찾습니다.
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피크 파인더 설명

PeakFinder 응용 프로그램은 효모 칩 (Chromatin ImmunoPrecipitation) 마이크로로리 데이터에서 피크 (Cohesin 결합 부위)를 찾는 공구로 개발되었습니다. PeakFinder는 마이크로 어레이 비율 데이터를 "봉우리"에 검색하는 게놈 시각화 도구입니다. 피크는 대화식으로 선택할 수있는 평활화 된 곡선을 사용하여 발견됩니다. 지정된 이동 창을 사용하는 뉴클레오타이드 콘텐츠는 마이크로 어레이 결과와 함께 표시 될 수 있습니다. 이 프로그램은 게놈에 대해 거의 일반적이지만, 여전히 효모 전용 매개 변수가 있습니다. 입력 파일 : - genomeindex.dat 파일 : 좌표 게놈 내의 각 염색체의 위치를 알려줍니다. Centromere 위치도 지정됩니다. - "기능 좌표"Excel 워크 시트 : 열 A, B 및 C는 이름, coord1, coord2 여야합니다. 좌표는 각 기능에 대한 게놈 좌표입니다. - "비율"마이크로 어레이 데이터가있는 Excel 워크 시트 : 열 A는 "iname"여야합니다. 비율 데이터는 마지막 열에있는 것으로 가정합니다. 기능 "iname"값은 기능 좌표 워크 시트에 지정된 MACH가 필요합니다. - 뉴클레오타이드 시퀀스가있는 디렉토리, 각 염색체에 대한 하나의 파일. 시퀀스 데이터는 탈선 또는 단순히 ASCII 파일을 사용하여 FASTA 형식으로 사용할 수 있습니다. 파일의 이름은 CHR * 또는 CHRNN *이어야합니다. 예를 들어, chr05.fsa 또는 chrviii_562639.ascii. Saccharomyces 게놈 데이터베이스에서 "old"또는 "new"파일 형식이 허용됩니다. - PEAKFINDER.INI가 C : \ Documents 및 Settings \ 로컬 설정 \ 응용 프로그램 Data \ StowerSinstitute \ PeakFinder 디렉토리에 있습니다. 출력 파일 : - 비트 맵 또는 메타 파일 옵션이 선택된 경우 차트가 클립 보드에 자동으로 배치되며 표시된 후 다른 응용 프로그램에 즉시 붙여 넣을 수 있습니다. (자동 저장 차트의 선택을 취소하면 클립 보드의 차트가 자동 배치가 중지됨). 그렇지 않으면 차트 탭 시트의 저장 버튼을 눌러 차트를 지정된 GIF 파일에 저장하십시오. - Peaks Tabsheet의 피크 저장 버튼을 선택하여 Excel에서 열 수있는 Peaks.csv 파일을 저장할 수 있습니다. - RAWDATA TABSheet의 "모두 프로세스"버튼은 생성되는 일련의 파일을 생성합니다. 일반적으로 새 디렉토리를 지정하고 처리가 완료되면 이러한 파일이 포함됩니다. RatiOfIleName.dat, RatiOfIleName-Chromosomenn.gif (NN = 01 ~ 16) 및 RatiFileName-Peaks.csv의 RatiFileName-Peaks.csv는 비율 Excel의 이름입니다. 원시 데이터 탭 시트에 지정된 파일.

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