폰지즈 이 도구를 사용하여 마커 찾기
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폰지즈 설명

Fonzie는 유전 적지도 제작 전문 분야를 위해 만들어진 파이썬 기반 정보학 응용 프로그램입니다. Fonzie를 사용하면 시퀀스 세트 및 올리고 뉴클레오타이드를 연관시키는 마커를 찾을 수 있습니다. Fonzie는 입력 핵 시퀀스 파일 (FASTA Format)에서 Tandem Repeat Finder를 호출합니다. 각 표식은 다른 기준 (크기, 일치의 크기, 입력 시퀀스의 특정 영역에서의 존재)에 대해 상영됩니다. 그런 다음 마커의 감도는 핵 시퀀스 데이터베이스 (입력 파일을 포함)의 데이터베이스에 대해 BLAST를 수행하여 설정됩니다. 이 데이터베이스는 Fonzie를 사용하기 전에 만들어야합니다. 다음 단계에서는 프라이머 쌍이 선택된 마커에 대해 Primer3을 사용하여 설계되었습니다. 그런 다음 Fonzie는 데이터베이스에 대한 폭발을 사용하여 증폭 제품의 감도를 테스트합니다. Fonzie의 출력 파일은 마커 및 프라이머의 데이터, TRF의 출력 인 DAT 파일, FASTA의 마커 시퀀스, FASTA의 증폭 제품 시퀀스 및 데이터 파일의 증폭 제품 시퀀스 각 마커마다.

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