지지자 분자 역학 시뮬레이션을위한 프레임 워크.
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시뮬레이션 시뮬레이션 모의 실험 장치 분자 댐핑 역학 분자 견해 분자 역학 패키지 분자 상호 작용 네트워크 분자 시각화 분자 편집기 분자 광산 분자 역학 시뮬레이션 바이오 - 비슷한 프레임 워크 DCD 궤적 파일 분자 역학을 시뮬레이트합니다 분자 직경 분자 시뮬레이션 분자 시스템 분자 하부 구조를 찾는다 분자 역학 분자 궤도를 움직이게하십시오 분자 역학 분석기 분자 계통 발생 분자 역학을 연구합니다 분자 계통 발생성 시뮬레이션 소프트웨어 시뮬레이션

지지자 설명

Protomol은 분자 역학 (MD) 시뮬레이션을 위해 특별히 설계된 유용한 객체 지향적 인 구성 요소 기반의 프레임 워크입니다. 프레임 워크는 Charmm 19 및 28A2 강제 필드를 지원하며 PDB, PSF, XYZ 및 DCD 궤적 파일을 처리 할 수 있습니다. 그것은 높은 유연성, 쉬운 확장 및 유지 보수 및 병렬화를 포함하여 고성능 요구를 위해 설계되었습니다. 여러 시간 스테핑의 기술은 장기간의 효율을 향상시키는 데 사용됩니다. EWALD, 입자 메쉬 eWald (PME) 및 멀티그리드 (MG) 합계와 같은 빠른 정전기 력 평가 알고리즘을 사용하면 성능이 향상됩니다. Molly, Langevin Molly 및 Hybrid Monte Carlo, Nose-Hoover 및 LangeVin Integrators를 사용하여 더 긴 시간 단계가 가능합니다. 주요 특징: 분자 역학 시뮬레이션을위한 객체 지향 구성 요소 기반 프레임 워크 높은 유연성, 쉬운 확장 및 유지 보수 및 고성능 요구 사항 순차 및 병렬 환경 결합 증분 병렬화 일반적인 다중 시간 스테핑 통합 체계의 지원 일반 힘과 잠재력 빠른 정전기 력 평가 알고리즘 : ewald summation, o (n3 / 2) 입자 - 메쉬 - ewald, o (n log n) 멀티 그리드 방법, O (n) 공통 I / O 형식의 지원 (사전 및 후 처리) 106 입자 시스템

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