¿ìȺ¹ÇÕü °Ô³ð ºÐ¼® ½ºÀ§Æ® | |
Áö±Ý ´Ù¿î·Îµå |
¿ìÈ ¼øÀ§ ¹× ¿ä¾à
±¤°í
¿ìÈ Å±×
- ºÐ¼®±â º¹ÀâÇÑ °Ô³ð ºê¶ó¿ìÀú °Ô³ð ÁÖ¼® °Ô³ð ½Ã°¢È °Ô³ð °Ô³ð ½ÃÄö½º °Ë»ö °Ô³ð ½ÃÄö½º¸¦ ãÀ» ¼ö °Ô³ð ºÐ¼® °Ô³ð ºÐ¼® °Ô³ð ºÐ¼®±â ¿©·¯ °Ô³ðº¸±â ¿©·¯ °Ô³ð ºä¾î GENOME. °Ô³ð ºÐ¼® ½ºÀ§Æ® ´ÙÁß ½ÃÄö½º Á¤·Ä Èì ¹ÙÀÌ·¯½º °Ô³ð ºñ±³ ¹ÙÀÌ·¯½º °Ô³ð ºñ±³ °Ô³ð ½ÃÄö½º¸¦ º¾´Ï´Ù °Ô³ð ½ÃÄö½º¸¦ Ç¥½ÃÇÕ´Ï´Ù °Ô³ð µ¥ÀÌÅ͸¦ º¾´Ï´Ù °Ô³ð µ¥ÀÌÅÍ ºä¾î °Ô³ð ã¾Æº¸±â °Ô³ðÀ» º¾´Ï´Ù ´Ý±â °ü·Ã °Ô³ð °Ô³ð ¾ð¾î ¿øÇÙ »ý¹° °Ô³ð ¾Ö±â Àå´ëÀÇ °Ô³ð ºÐ¼® Arabidopsis °Ô³ðÀ» º¾´Ï´Ù Arabidopsis °Ô³ð ºÐ¼® ¹ÚÅ׸®¾Æ °Ô³ð ºÐ¼® °Ô³ð ½Ã°¢È °Ô³ð ºä¾î °Ô³ð - ¿ÍÀ̵å Çùȸ °Ô³ð ¿øÇü ½Ã°¢È º¹ÀâÇÑ ½ÇÇè ºÐ¼® °Ô³ð ¼¿À» ºñ±³ÇϽʽÿÀ °Ô³ð ¼¿ UCSC °Ô³ð ºê¶ó¿ìÀú Æ®·¢ °Ô³ð Æ®·¢À» °ü¸®ÇϽʽÿÀ °Ô³ð Æ®·¢ °ü¸®ÀÚ Àΰ£ °Ô³ð ºÐ¼® °Ô³ð °è»ê±â °Ô³ð ÆÄÀÏÀ» º¾´Ï´Ù °Ô³ð ¸ÊÇÎ °Ô³ðÁöµµ ½Ã°¢È °Ô³ð ÇÏÀ̺긮µå È ¹è¿ °Ô³ð µ¥ÀÌÅ͸¦ Ç¥½ÃÇÕ´Ï´Ù Àΰ£ °Ô³ð ºÐ¼® Àΰ£ °Ô³ð ¹ÚÅ׸®¾Æ °Ô³ð ¼¿ °Ô³ð ŽÇè°¡ ¾çÀû °Ô³ð ¹Ì»ý¹° °Ô³ð °Ô³ð ºñ±³ Ư¡ °Ô³ð °Ô³ð Ư¼ºÈ °Ô³ð À§Ä¡ °áÁ¤ ½Ã½ºÅÛ °Ô³ð ¼Óµµ ¹ÚÅ׸®¾Æ °Ô³ðº¸±â ¹ÚÅ׸®¾Æ °Ô³ð ½Ã°¢È
¿ìÈ ¼³¸í
UgeneÀº ¿©·¯ ½ÃÄö½º Á¤·Ä ¹× º¹ÀâÇÑ HMM ºô´õ ¹× °Ë»ö ¸ðµâÀ» Ư¡À¸·ÎÇÏ´Â Æ÷°ýÀû ÀÎ °Ô³ð ºÐ¼® Á¦Ç°±ºÀÔ´Ï´Ù. UgeneÀº ¶ÇÇÑ ½Ã°¢Àû ¹× ¾ç¹æÇâÀûÀÎ °Ô³ð ºê¶ó¿ì¡ °æÇèÀ» Á¦°øÇÏ´Â Æí¸®ÇÑ µµ±¸ÀÔ´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ »ç¿ëÇÒ ¼öÀÖ´Â ÀÌ¿ë °¡´É : ÈÞ´ë¿ë Ugene ÁÖ¿ä Ư¡: ±ÙÀ° 3 ¹× ±ÙÀ° 4¸¦ ÀÌ¿ëÇÑ ´ÙÁß ½ÃÄö½º Á¤·Ä; HMMER 2 ¹× HMMER 3ÀÇ ¿øõ¿¡ µû¶ó ºôµå ¹× °Ë»ö, ÇÁ¶óÀÌ¸Ó 3À» »ç¿ëÇÏ¿© PCR ÇÁ¶óÀÌ¸Ó ¼³°è; GOR IV ¹× PSIPRED¸¦ ÀÌ¿ëÇÑ ´Ü¹éÁú 2 Â÷ ±¸Á¶ ¿¹Ãø; Á¦ÇÑ È¿¼Ò¸¦ °Ë»öÇÏ°í ¸®º£ÀÌ È¿¼Ò¿ÍÀÇ ÅëÇÕ; ¸Å¿ì ºü¸¥ ¹Ýº¹ ÆÄÀδõ; SiteConÀ» »ç¿ëÇÏ¿© Àü»ç ÀÎÀÚ ¹ÙÀεù »çÀÌÆ® °Ë»ö; ORF ÆÄÀδõ; ½º¹Ì½º ¿öÅÍ¸Ç ¾Ë°í¸®Áò ±¸Çö ¿Ï·á. Å©·Î¸¶Åä ±×·¥ ½Ã°¢È; PDB ¹× MMDB Çü½ÄÀÇ ÆÄÀÏ¿¡ ´ëÇÑ 3D ºä¾î; ´ÙÁß ½ÃÄö½º Á¤·Ä ÆíÁý±â; »ç¿ëÀÚ Á¤ÀÇ °è»ê ¿öÅ© Ç÷ο¡ ´ëÇÑ ¿öÅ© Ç÷ΠµðÀÚÀ̳ʸ¦ »ç¿ëÇϱ⠽±½À´Ï´Ù. Çö´ë ¸ÖƼ ÄÚ¾î ÇÁ·Î¼¼¼ ¹× SSE ÁöħÀÇ ¿ÏÀüÇÑ Áö¿ø; NVIDIA CUDA ¹× ATI ½ºÆ®¸²À» »ç¿ëÇÏ¿© Çö´ë GPUÀÇ ¹Ú½º Áö¿ø¿¡¼ ¼¿ ±¤´ë¿ª ¿£ÁøÀ»À§ÇÑ ÅëÇÕ ¼Ö·ç¼Ç; ½´ÆÛ ÄÄÇ»ÅÍ ¹× ºÐ»ê ÄÄÇ»ÆÃÀ»À§ÇÑ °³ÀÎ ¼Ö·ç¼Ç.
¿ìÈ °ü·Ã ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾î