석탄 유전자 트리 확률을 계산하는 작은 도구
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석탄 설명

석탄 프로그램은 유전자 나무 확률을 계산하고 유전자 나무를 유전자 나무를 유전자 나무로 시뮬레이션하기위한 작은 공구로 개발되었습니다. 주요 특징: 는 유전자 나무의 확률을 계산합니다. 합계 단위로 지정된 분기 길이가있는 고정 된 종 나무가있는 고정 된 종 나무가있는 세대 수 (전복 인구를위한 효과적인 인구 크기를 두 배로 나눈 값). 종이 나무 분기 길이 가이 주위를 얻으려면 종이 트리 분기 길이를 0으로 설정할 수 있지만, 두 나무가 두 나무 모두가 기준으로 가정합니다. 종에서 샘플링 된 다중 (또는 제로) 개인은 허용되지만 표기법은 특정이어야합니다. 개인을위한 레이블은 종의 이름 뒤에 하이픈이어야합니다. 예를 들어, A가 종 이름 인 경우, A-1, A-2 등으로 샘플링 된 유전자를 A-1, A-2 등으로 불릴 수 있습니다. 세 개의 입력 파일이 있습니다 : 뉴 믹 형식의 종 나무가있는 종 트리 파일; 뉴 믹 형식의 유전자 나무가있는 유전자 트리 파일; 종 및 유전자 트리 파일의 이름, 분류 수 및 출력 옵션을 포함하는 명령이있는 입력 파일. 출력 옵션을 사용하여 copycontsestic hostory가 나열되거나 아닙니다. 그렇다면 P_ {UV} 용어 (용지 참조)의 관점에서 유전자 트리 확률을위한 상징적 인 공식을 주어질 수 있습니다. 다른 옵션에는 유전자 트리 토폴로지 인쇄, 각 종의 나무 내에서 유전자 나무에 누적 확률을 계산하고, 합쳐진 역사의 수를 세는 것입니다. 다양한 옵션에 대한 도움말 파일을 참조하십시오. 유전자 나무는 종 나무 내에서 시뮬레이션 될 수 있습니다. 현재 이것은 종과 종자 당 하나의 유전자로 제한되며 종이 나무에 일정한 인구 크기가 필요합니다. 유전자 나무가 생성되어 서브 트리가 고유하게 회전되도록합니다. 예를 들어 ((a, b), c)가 하위 트리 인 경우 (c, (a, b))는 생성되지 않습니다.

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