 | 생산단백질 구조 역학 분석을위한 오픈 소스 파이썬 패키지 |
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단백질 구조 역학 분석을위한 오픈 소스 파이썬 패키지 Prody는 단백질 구조 역학을 분석하기위한 자유롭고 오픈 소스 파이썬 패키지입니다. 이질적으로 실험 구조 데이터 세트와 이론적으로 예측 된 구조 역학과의 비교를 정량적으로 분석 할 수 있습니다. 그것은 피츠버그 대학의 바하르 실에서 아 멧 바칸이 설계 및 개발했습니다. prody의 입력은 PDB 파일 형식의 쿼리 단백질의 원자 좌표이거나 단순히 PDB ID 또는 단백질의 단일 문자 아미노산 서열이 있습니다. 빠르고 유연한 Prody 파서는 PDB FTP 서버에서 PDB 파일의 해당 데이터 집합을 검색하고 좌표 데이터 및 기타 관련 정보를 추출하는 데 사용됩니다. Prody는 실험 데이터 집합의 주 구성 요소 분석 (PCA)에 의해 추출 된 구조적 변동성의 구조적 변동성에서 지배적 인 패턴을 출력하고, 탄성 네트워크 모델 (ENM)을 기반으로하는 정상 모드 분석 (NMA)에 의해 예측 된 단백질의 고유 동력을 기술하는 정상 모드를 출력합니다.
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