박찬배 분자 생물학 및 진화의 베이지안 분석
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박찬배 순위 및 요약

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박찬배 설명

Bambe라는 이름은 분자 생물학 및 진화에서 베이지안 분석을 의미합니다. Bambe는 계산의 분석을위한 자유로운 소프트웨어 패키지로 개발되었습니다. 패키지에는 정렬 된 DNA 또는 RNA 시퀀스 데이터를 분석하기위한 프로그램이 포함되어 있으며 데이터 세트가 갭 또는 불확실성 사이트를 갖게 할 수 있습니다. 주 프로그램은 계통 발생 나무 및 우도 모델 매개 변수의 조인트 후방 분포로부터 샘플링하기 위해 다양한 대도시 - 헤이스팅스 알고리즘을 사용합니다. 분포의 다른 프로그램은 샘플링 된 트리 및 매개 변수 값을 분석하는 데 도움이됩니다. 참고 : 이 모든 소프트웨어 패키지와 개인 학업 사용을위한 첨부 된 문서를 복사하여 사용할 수있는 모든 사람이 허가를받습니다. 주요 특징: 가능성 모델의 선택. HKY85 (하세가와 - 키시 노 야노, 1985) F84 (Felsenstein의 phylip에서 구현 된 것처럼) TN93 (Tamura-Nei, 1993) 새로운 계통 발생 나무를 제안하는 대도시 - 헤이스팅 샘플러 선택 (새로운 스케일 베타 배포 버전 포함) 메트로폴리스 - 하이스팅스 샘플러는 새로운 모델 매개 변수를 제안합니다. 번인 및 추론을 위해 별도의 샘플러의 선택. 각 사이트 카테고리에 대해 별도의 매개 변수 값이있는 사이트 범주의 유연한 사양. 검색을 임의의 트리, upgma 트리, 이웃 조인 트리 또는 사용자 정의 트리에서 검색을 초기화하는 선택 사항입니다. 나무를 읽고 쓰는 두 가지 형식 (Bambe와 newick) HTML 도움말 파일. 트리 및 모델 매개 변수의 그래픽 실시간 모니터링.

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