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Biokanga는 차세대 시퀀싱 분석의 과제를 목표로하는 고성능 생물 정보학 응용 프로그램의 컬렉션입니다. KANGA는 'K-MER 적응 형 차세대 정렬 기'에 대한 약어가 있으며 주요 응용 프로그램입니다. Biokanga는 목표 게놈 내의 서열 고유성에 대한 경험적으로 유도 된 이해를 통합하여 차세대 시퀀서 (ABI 고체) 또는 염기 공간 (Illumina)에서 차세대 시퀀서 짧은 읽기 데이터 세트의 강력한 정렬을 가능하게하는 매우 효율적인 짧은 읽기 정렬 기입니다. Biokanga는 다른 널리 사용되는 정렬 자와 비교하여 경쟁적이거나 증가 된 계산 효율로 정렬 된 서열 판독의 비율 및 품질 모두에서 상당한 이득을 제공합니다. 대부분의 다른 정렬 자와는 달리 Biokanga는 시퀀서 소스의 품질 점수를 의지하기보다는 차별 수용 기준으로서 주어진 판독 된 판독을위한 표적화 된 게놈 어셈블리에 대한 추정 정렬 사이의 해밍 거리를 사용합니다. Kangadna는 NGS 짧은 읽기 데이터 세트의 DE NOVO 어셈블리를 향한 추가 2 부분 툴킷의 기본 구성 요소입니다. 2 차 성분 인 KANGAHRDX (K-MER 적응 형 차이 정렬 자의 동형 접합성 감소)는 RNA-SEQ 트랜스테르 모틱을 주로 표적화하여 전사 물질 이소 폼이 높은 정체성이 가장 가능성이있는 엑손의 영역을 공유하는 많은 조립 된 CONTIGS가 발생합니다. 도구 세트 구성 요소 : Kangax NG 짧은 판독 데이터 세트가 나중에 정렬 될 참조 게놈 어셈블리가 포함 된 매우 최적화 된 접미사 어레이 조회 데이터베이스를 생성하는 데 사용됩니다. Kangar 이것은 NG 짧은 읽기 데이터 세트를 Kanga Aller에 의해 빠르고 효율적으로 적재하도록 최적화 된 형식으로 사전 처리하는 데 사용할 수있는 선택적 구성 요소입니다. Kanga Kanga는 정렬 자 구성 요소입니다. 주요 입력은 Kangax에서 생성 한 참조 게놈 어셈블리 데이터베이스이며 Kangar Preprocessed Dataset 또는 RAW FASTA / FASTQ Readset 파일 중 하나입니다. Kanga의 기본 출력은 여러 사용자 선택한 출력 형식 중 하나의 정렬입니다. kangadna Kangadna는 이러한 품질이 감소 된 스팬 및 / 또는 Contig NXX 기존 측정 값으로 얻을 수있는 경우에도 더 높은 신뢰 품질을 전달하는 멀리 떨어진 다중 위상 탐욕의 DE Novo 어셈블리입니다. Kangadna는 기본적으로 기본 또는 컬러 스페이스 (솔리드) 읽기를 조립합니다. kangahrdx KANGAHRDX는 CONTIG 서열을 처리하고 동형 접합체 간의 영역을 식별 할 것입니다. 식별 된 영역은 가장 긴 Contig를 제외한 모든 것으로 삭제 될 것이므로 더 많은 Hetrozygotic 인 Contigs가 발생합니다. 이는 DE Novo RNA-SEQ 전 사체 분석이나 다수의 게놈의 Novo 조립을 도울 수 있습니다. 일반적으로 Kangahrdx는 Kangadna 또는 다른 어셈블러가 생성 한 Contigs에서 실행될 예정이며, 유일한 유일한 제한은 입력이베이스 스페이스가 아니라 컬러 스페이스가 아닌 것으로되어야합니다.
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