 | 모이다아미노산 서열 수준에서 수렴 및 평행 진화 |
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모이다 설명
이 응용 프로그램은 아미노산 서열 수준에서 수렴 및 병렬 진화를 테스트하기 위해 개발되었습니다. 관찰 된 수렴 및 평행 대체가 무작위 기회에 기인하는 확률을 계산합니다. 이 패키지에는 C 언어로 작성된 Converg2.exe가 하나 있습니다. 프로그램을 사용하려면 이들 시퀀스의 아미노산 서열과 트리 토폴로지를 포함하는 입력 파일이 필요합니다 (예를 들어 lysozyme.aa 참조). 이 파일은 두 개의 숫자로 시작됩니다. 시퀀스 수와 아미노산 사이트 수 (시퀀스 길이). 두 번째 줄은 첫 번째 시퀀스의 이름이고 세 번째 줄은 첫 번째 시퀀스가 될 것입니다. 20 개의 아미노산에 대한 한 글자 코드 (대문자)만이 서열에서 허용됩니다. 시퀀스는 정렬되어야하며 간격이 이미 제거되어야합니다. 파일의 마지막 줄은 시퀀스의 트리 토폴로지입니다. 트리 형식은 Phylip 패키지 (Felsenstein 1995)에서 사용되는 것과 동일합니다. 트리가 풀리지 않으므로 가장 깊은 분기 노드에 대해 BIGICATION이 아닌 트리플 엑스가 필요합니다.
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