글루 넷 이 응용 프로그램과 진화론적인 관계를 분석합니다.
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Phylonet은 사용자가 망상 (비 treelike) 진화 관계를 재구성하고 분석하기위한 도구를 제공하기 위해 특별히 고안된 사용이 쉽고 사용하기 쉽습니다. 특히 소프트웨어 패키지는 한 쌍의 종 / 유전자 나무로부터 수평 유전자 전달을 유추하기위한 특징을 포함하고, 서열 정렬에서 산재 재조합 중단 점을 탐지하는 특징을 포함한다. 또한 계통 발생 네트워크를 읽거나 저장하는 기능을 갖추고 계통 발생 네트워크 토폴로지를 비교할 수있는 기능을 갖추고 있습니다. 계통 발생 네트워크 재구성 및 평가의 알고리즘이 계통 발생 나무의 영역으로부터 알고리즘 기술을 사용하는 것에 따라 패키지는 또한 최대 계약 하위 트리를 계산하기위한 모듈, Robinson-Foulds 거리 측정 값 등 여러 가지 트리 지향 기능을 포함합니다. 주요 특징: 마스트 - 최대 계약 하위 트리 RF - Robinson-Foulds / 대칭 차이 트리 측정 Riatahgt - 한 쌍의 종 / 유전자 나무로부터 HGT 사건을 탐지하기위한 경험적입니다 LCA - 트리 의 노드 집합의 적어도 공통 조상 Recomp - interspecific 재조합 중단 점을 탐지하는 창 기반 방법 Charnet - 네트워크에서 클러스터, 트리 및 Tripartition을 계산하는 도구 cmnets - 두 네트워크 사이의 거리를 계산하는 도구 NetPars - 계통 발생 네트워크의 지점을 채점하는 도구 카운트 코럴 - 종 나무의 가지 내의 유전자의 모든 유효한 합성 시나리오를 열거하는 도구 Genclex - 종 나무에 대한 CPLEX에 의해 해결 될 수있는 MILP 제제를 생성하는 도구 및 유전자 나무 세트 Genst - 호환 가능한 클러스터의 최대 세트를 기반으로 한 종의 Tree Topoloties를 생성하는 도구입니다. Compute_st (이 도구는 PERL 스크립트이며, 합쳐진 유전자 나무로부터 종의 나무를 재구성하기위한 것입니다. effer_st - 유전자 나무에서 종의 나무를 추론하기 위해. 함유 된 방법은 MDC, 시간, 유리, 대다수의 컨센서스 및 민주주의 투표가있는 MDC를 포함합니다. DEEP_COAL__COUNT - 유전자 나무 세트 및 종류의 세트가 기여한 여분의 계통의 수를 세는 것 SIM_GTINNETWORK - YU 등의 계통 발생 네트워크 모델에서 유전자 나무를 시뮬레이션하기위한 것. Syst Biol 2010 용지

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