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ecocyc. 설명

Ecocyc-Mobile은 Escherichia coli K-12 MG1655의 게놈 및 생화학 기계를 설명하는 생물 정보학 데이터베이스 인 Ecocyc에 대한 간소화 된 모바일 상호 작용을 제공합니다. 실험실에서 Ecocyc-Mobile을 교실에서 또는 라이브러리에서 사용하거나 도서관에서 coli 생물 학자를위한 전자 기준 원인이며, 관련 미생물과 관련된 생물학 자의 경우가 있습니다. 대부분의 E. coli 유전자 유전자 및 단백질 서열 정보 및 단백질 특징 어노테이션 규제 요약 다이어그램의 기반의 큐레이팅 요약은 유전자 제품 유전자 온톨로지 조건에 의해 촉매 된 유전자 반응에 대한 규제 영향을 기술한다. 다른 인기있는 생물 데이터베이스에 대한 링크 - 유전자 BookmarksGarksGenome Full-Time Cupters의 주석이 5 번의 전임 큐레이터는 문헌 기반 치료 전략을 사용하여 진행중인 E. coli 게놈의 주석을 업데이트합니다. E. coli 유전자 제품의 미니 검토 요약은 Ecocyc Protein 및 RNA Pages.Literature 기반의 Cuationuration을 수동으로 개조 및 업데이트하는 프로세스입니다. Ecocyc 프로젝트는 데이터베이스 업데이트가 실험 문헌의 증거를 기반으로하는 문헌 기반 치료법을 사용합니다. Ecocyc는 그 치료 활동과 관련하여 대부분 최신이됩니다. 2010 년 11 월 현재 Ecocyc는 20,900 개 이상의 출판물의 정보를 인코딩 한 것입니다. 이셔는 유전자, 단백질, 경로 및 복합 이름 및 동의어를 수집합니다. 그들은 유전자 온톨로지 및 다중 온톨로지를 사용하여 유전자 및 유전자 제품을 분류하며, 경로 도구 경로 온톨로지 내의 경로를 분류합니다. 단백질 복합체 성분 및 이들 서브 유닛의 화학 양은 포착된다; 실험적으로 결정된 단백질 분자량과 마찬가지로 폴리 펩타이드 및 단백질 복합체의 세포 로컬라이제 화; 효소 활성 및 효소 보철기, 보철기, 활성제 또는 억제제가 캡처됩니다. 오페론 구조 및 유전자 조절 정보가 인코딩됩니다. 광범위한 인용문을 가진 텍스트 요약은 큐레이터가 저작합니다. 단백질, RNAS, 경로 및 동작을위한 요약 내에서 큐레이터는 Ecocyc의 고도로 구조화 된 데이터베이스 필드에 캡처되지 않은 추가 정보를 캡처합니다. 예를 들어, 큐레이터는 자유 텍스트 요약 섹션을 사용하여 각 유전자 제품의 돌연변이, 고갈 또는 과잉 생산에 의한 표현형을 포착합니다. 알려진 유전 적 상호 작용; 단백질 도메인 아키텍처 및 구조적 연구; 다른 단백질과 유사성; 또는 묘사 된 기능성 보완 실험.

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