vmd. 3D 그래픽을 사용하여 큰 생체 분자 시스템을 표시, 애니메이션 및 분석하기위한 분자 시각화 프로그램.
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vmd. 설명

3-D 그래픽을 사용하여 큰 생체 분자 시스템을 표시, 애니메이션 및 분석하기위한 분자 시각화 프로그램. VMD는 3D 그래픽 및 내장 스크립팅을 사용하여 큰 생체 분자 시스템을 디스플레이, 애니메이션 및 분석하기위한 분자 시각화 프로그램입니다. VMD는 Mac OS X, UNIX 또는 Windows를 실행하는 컴퓨터를 지원하며 무료로 배포되며 소스 코드가 포함됩니다 .VMD는 단백질, 핵산, 지질 및 멤브레인과 같은 생체 고분자의 대화 형 시각화 및 분석을 위해 설계된 분자 그래픽 프로그램입니다. .vmd는 임의의 수의 원자를 함유 한 분자를 표시하는 일반적인 응용 프로그램이며 기본 능력에서 다른 분자 시각화 프로그램과 유사합니다 .VMD는 프로젝션 극장에서 사용할 수있는 하이 엔드 쿼드 버퍼링 입체 렌더링에 대한 내장 지원을 포함합니다. 데스크탑 그래픽 워크 스테이션으로 잘 알 수 있습니다. 스테레오픽 디스플레이는 3 차원 구조의 인식에서 크게 돕고 첫 번째 릴리스 이후 VMD의 주요 특징이었습니다. VMD는 저렴한 게임 지향 스테레오 안경 및 심지어 Anaglyphic (적색 / 파란색) 스테레오에 대한 지원을 제공합니다. 다음은 "vmd"의 몇 가지 주요 기능입니다. · 사용 가능한 메모리를 제외한 분자, 원자, 잔류 물 또는 애니메이션 프레임 수의 수에 대한 제한이 없습니다. · 많은 분자 및 용적 렌더링 및 착색 방법. · 부울 및 대수적 인 운영자, 정규 표현식, 거리 기반 선택 등의 광범위한 원자 선택 언어. · 강력한 스크립팅 및 분석 기능을 제공하기 위해 TCL, TK 및 Python에 대한 광범위한 그래픽 및 텍스트 인터페이스. 고급 그래픽 가속기에서 OpenGL 프로그래머블 쉐이딩을 사용하여 고품질 온 스크린 렌더링. · 셔터 안경, 오토포틱스 플랫 패널, Anaglyph 스테레오 안경 및 나란히 스테레오보기가있는 입체 디스플레이. · 가상 현실 주변 네트워크 (VRPN)를 지원하는 조이스틱, 스페이스 볼, 햅틱 장치 및 기타 고급 입력 장치의 사용을 통한 3 차원 대화 형 제어. · 앰버, charmm, gromacs, namd, pdb, x-plor 및 다른 많은 것들과 같은 인기있는 형식을 지원하는 확장 가능한 플러그인 기반 파일로드 시스템은 물론 바벨을 통해 자동 변환뿐만 아니라 · POV-Ray, Raster3D, RenderMan, Gelato, Tachyon, Wavefront 및 3-D 인쇄용 STL 또는 VRML2 파일을 포함한 Extenal 렌더링 형식으로 표시된 장면을 내 보냅니다. · 다중 시퀀스 정렬 및 진화 분석 도구의 통합, MultiSeq 플러그인 및 관련 도구 세트의 형태로 통합됩니다. · 시뮬레이션 백 엔드로 NAMD, Protomol 또는 다른 프로그램을 사용하여 대화식 분자 역학 (IMD) 시뮬레이션을 수행하십시오. · VMD와 함께 개발 된 프로그램 NAMD, 빠르고 병렬 및 확장 가능한 분자 역학 프로그램과의 통합. 자세한 내용은 NAMD 페이지를 참조하십시오. http://www.ks.uiuc.edu/research/namd. · BIOCORE 공동 연구 환경과의 통합. VMD는 공동 작업자가 인터넷을 통해 함께 작동 할 수 있도록 분자 그래픽 스크립트를 BIOCORE에 게시 할 수 있습니다. 자세한 내용은 BIOCORE 페이지를 참조하십시오. http://www.ks.uiuc.edu/research/biocore. 제한 사항 : · 다운로드하려면 등록해야합니다. 이 릴리스에서는 새로운 기능 : · 사용자 설명서 업데이트 · VMD 사용자 안내서에 대한 사소한 개선 및 수정, 새로운 명령 및 환경 변수에 대한 문서가 추가되었습니다. · 고급 이미지 및 영화 제작, 3-D PDF 수출, Tachyon Ambient 폐색 조명, 정전기 표면 착색 및 밀도 맵 기반 원자 선택에 사용할 수있는 새롭고 업데이트 된 튜토리얼. · 사용자 인터페이스 변경 · 사용자 정의 스크립트 및 플러그인과 함께 사용하기위한 새로운 "사용자"피킹 모드 · 일반적인 개선 · 3-D 분자 구조를 삽입 한 문서를 생성하기 위해 Acrobat 3-D로 3 차원 캡처를 지원합니다. · VMD 렌더링은 이제 Tachyon의 Advanced Ambient occlusion Lighting을 사용하여 분자 그래픽의 3 차원 렌더링을 엄청나게 향상시킵니다. 이 고급 조명 모드는 모공과 채널의 음영을 크게 향상시킬 수 있으며, 공동이있는 구조 및 일반적으로 더 나은 깊이 인식을 위해 깊이 큐를 사용해야하는 다른 경우가 크게 향상 될 수 있습니다. · VMD는 이제 NVIDIA "Gelato"GPU 가속화 품질 렌더링 패키지를 지원합니다. VMD는 Gelato의 네이티브 PYG 파일 형식의 장면과 RenderMan Rib Format의 장면을 수출합니다. · 기본적으로 VMD는 이제 모든 사용 가능한 프로세서를 사용하여 현재 여러 구조 분석 루틴, 대화 형 MD 및 광선 추적을 포함하는 코드의 병렬 된 부분을 가속화합니다. · 전체당 원자당 메모리 사용이 크게 감소되었습니다. VMD는 이전 버전과 비교하여 원자당 많은 메모리를 사용하여 추가 궤도 프레임에 사용할 수 있거나 한 번에 더 많은 분자를로드 할 수있는 공간을 남기고 있습니다. · VMD 구조 로딩 및 분석 확장 성이 크게 향상되었습니다. VMD는 최대 72,000,000 원자의 구조물 로딩 및 분석을 성공적으로 테스트했습니다. · 자동 채권 결정 알고리즘은 이제 단일 프로세서 시스템에서 최대 3 배 빠르게 실행되며 여러 프로세서를 사용하여 멀티 코어 프로세서 및 다중 프로세서 워크 스테이션의 성능 향상을 위해 여러 프로세서를 사용합니다. · 디스플레이 업데이트가 비활성화 될 때 대폭 향상된 다만 파일 구조 로딩 성능을 크게 향상시킵니다. 이 혜택은 수천 개의 구조 분석을 포함하는 배치 모드 VMD 분석 작업, 예를 들어, PDB의 대형 서브 세트로드 및 검색.

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