| | varscan.대규모 병렬 시퀀싱 데이터의 변형 검출 |
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varscan. 순위 및 요약
광고
- 특허:
- Freeware
- 가격:
- FREE
- 게시자 이름:
- Daniel C Koboldt
- 게시자 웹사이트:
- http://www.massgenomics.org/about
- 운영체제:
- Mac OS X
- 파일 크기:
- 59 KB
varscan. 태그
varscan. 설명
대규모 병렬 시퀀싱 데이터의 변형 검출 Varscan은 무료 및 오픈 소스, 플랫폼 독립적 인 기술 독립적 인 기술 독립적 인 기술 독립적 인 소프트웨어 도구로 개인 및 풀 샘플의 대규모로 평행 한 시퀀싱을 거래합니다. 단일 샘플에 대한 데이터가 주어지면 VARSCAN은 읽기 카운트, 기본 품질 및 ALLE FRERVERS를 기반으로 배아 변형을 식별하고 필터링합니다. varscan은 종양 - 정상 쌍에 대한 데이터를 주어졌으며 샘플 간의 읽기 카운트를 비교하여 각 변형 (생식선, 체세포 또는 LOH)의 체세포 상태를 결정합니다. 다음은 "varscan"의 몇 가지 주요 기능입니다. · SAMTools 파일 업 파일에서 SNP 및 Indels를 호출합니다 · 커버리지, 읽기 깊이, 변형 주파수 및 기본 품질로 변형을 필터링합니다. · 종양 - 정상 쌍을위한 체세포 상태 (체세포, 생식선, LOH) 결정 · 변종의 두 목록을 비교, 병합 및 교차합니다. · 대상 위치 또는 대상 영역 세트에 대한 변형 호출을 제한합니다. · 비상업적 인 용도로 무료입니다. 요구 사항 : · 자바
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