kegg2sbml. 명령 줄 유틸리티는 KEGG PATHWAY 데이터베이스 파일을 SBML로 변환 할 수 있습니다.
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kegg2sbml. 설명

명령 줄 유틸리티는 KEGG PATHWAY 데이터베이스 파일을 SBML로 변환 할 수 있습니다. KEGG2SBML은 KEGG 리간드 데이터베이스를 사용하여 CAKGG (유전자 및 게놈의 교토 백과 사전) 경로 데이터베이스 파일을 SBML로 변환 할 수 있습니다. KEGG2SBML의 기능은 현재 KEGG Metabolic Pathway 파일을 변환하는 것으로 제한되며 다른 유형의 Kegg Files.kegg2sbml은 Kegg Pathway 데이터베이스 릴리스 46.0 이상을 변환 할 수 있습니다. (Kegg Pathway 데이터베이스의 과거 릴리스는 Kegg2SBML로 테스트되지 않았고 변환되지 않을 수 있습니다.) kegg2sbml은 셀드 디지털 및 레벨 1 및 레벨 2 (버전 1)에서 사용하는 주석없이 SBML 레벨 2 버전 2 및 레벨 2 버전 3을 생성 할 수 있습니다. 또는 주석이 없거나 Note : KEGG2SBML은 GNU 라이브러리 또는 덜 일반적인 일반 라이센스 (LGPL) 조건에 따라 라이센스 및 배포됩니다. 이 릴리스에서는 새로운 기능 : 구문 분석 경로의 변화 : · Kegg Pathway Databse 46.0 이상을 변환 할 수 있습니다. (Kegg Pathway 데이터베이스의 과거 릴리스는 KegG2SBML 버전 1.5.0으로 변환되지 않을 수 있습니다.) · 다른 형식 파일 (* .coord)이 지원됩니다. · 기존 형식 파일 (* .conf)도 지원됩니다. -o 옵션을 사용 하여이 형식을 명시 적으로 사용할 수 있습니다. * 기본적으로 * .conf 파일 대신 * .coord 파일이 구문 분석됩니다. 구문 분석의 변화 kegg 리간드 : · HASH 테이블을 저장하고 파일을 캐시하고 Lignad 데이터베이스 파일을 구문 분석하는 대신 이러한 캐시 파일을 읽는 성능 향상 (리간드 데이터베이스 구문 분석에 약 10 배 빠른) 쓰기 SBML의 변경 사항 : · SBML 레벨 2 버전 2 및 레벨 2 버전 3이 지원됩니다. (현재 CellDesigner 주석 태그는 이러한 SBML 레벨 / 버전에서는 지원되지 않습니다.) 추가 옵션 : · '-R': 동일한 디렉토리에있는 바이너리 캐시 파일을 읽는 대신 리간드 데이터베이스 파일을 구문 분석합니다. (기본값 : 캐시 파일 읽기 (* .bin)) · '-o': 디렉토리 이름이 인수 또는 -a 옵션이 설정된 경우 * .Coord 파일 대신 * .conf 파일을 구문 분석합니다. (기본값 : 파싱 * .COORD 파일) ·이 릴리스에서 KGML이 더 이상 사용되지 않습니다. · 기타 사소한 개선 및 수정.

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