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jcat. 순위 및 요약
광고
- 특허:
- Freeware
- 게시자 이름:
- Andreas Grote
- 게시자 웹사이트:
- http://www.jcat.de
- 운영체제:
- Mac OS X
- 파일 크기:
- 11.2 MB
jcat. 태그
jcat. 설명
코돈 사용법을 시퀀싱 된 원핵 생물체에 적응시킵니다 JCAT는 대부분의 서열화 된 원핵 생물 및 선택된 진핵 생물에 코돈 사용을 적응시키는 간단한 방법을 제시하는 무료 프로그램입니다. 코돈 적응은 외부 유전자가 숙주에서 발현되는 경우에 주요한 역할을하고, 호스트의 코돈 사용량이 유전자가 비롯된 유기체의 사용과 다르다. 호스트에서의 탈구되지 않은 코돈은 예를 들어 사소한 표현 속도로 이어질 수 있습니다. 적응은 PM Sharp et.al에서 제안한 CAI 값을 기반으로합니다. CAI 값은 Carbone et의 알고리즘을 적용하여 계산되었습니다. al. 마우스와 인체의 진핵 생물 게놈은 염색체를 따라 다른 종류의 바이어스를 함유하고 알고리즘은이 문제에 완벽하게 적합하지 않습니다. 이 분야의 결과는주의를 기울여야합니다. 특정 유기체에 대한 평균 코돈 사용은이 유기체의 모든 유전자의 모든 유전자의 모든 CAI 값을 합산함으로써 비교하여 유전자의 수에 의해 이탈 된 유전자를 제외하고는 유전자의 수를 제외하고는 거의 없었다. 이 데이터는 또한 코돈 적응의 그래픽 출력으로 표시됩니다. 요구 사항 : · Java 1.4 이상
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