 | jaligner.생물학적 로컬 쌍으로 시퀀스 정렬을 위해 Java로 구현 된 스미스 워터맨 알고리즘 |
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jaligner. 설명
생물학적 로컬 쌍으로 시퀀스 정렬을 위해 Java에서 구현 된 스미스 워터맨 알고리즘 Jaligner는 Affine Gap 페널티 모델을 사용하여 생물학적 로컬 로컬 쌍으로 시퀀스 정렬을위한 GotoH의 개선 된 스미스 워터맨 알고리즘의 오픈 소스 Java 구현입니다. 다음은 "jaligner"의 주요 기능이 있습니다. · 주요 유사성 점수 매트릭스로 동적 프로그래밍을 수행하는 공간 복잡성 및 2 개의 보조 갭 행렬은 O (m α n)에서 O (n)에서 O (m와 n)에서 수직 서열 및 수평 시퀀스의 크기입니다. 각각 크기 m α n의 원래의 2 차원 배열 대신에 충분한 단일 차원 배열을 사용함으로써. · 트레이스 백 방향 (대각선, 왼쪽, 위로 및 정지)을 유지하기 위해 크기 m ≠ n의 2 차원 배열은 단일 치수의 크기 M α의 단일 차원 배열에 매핑됩니다. 이 접근 방식은 JVM (Java Virtual Machine)이 m "객체의 배열을 할당하려고 시도하는 대신 JVM (Java Virtual Machine)이 m"object "(기본 데이터 유형)의 단일 차원 배열을 할당하려고 시도하기 때문에 메모리 할당 프로세스를 가속화합니다. 각각은 n 바이트의 "배열"입니다. · NCBI 사이트에서 픽업 된 이미 포함 된 70 개의 점수 매트릭스가 이미 포함 된 70 개의 점수 매트릭스 외에도 사용자 정의 채점 매트릭스와 함께 작동합니다. · GUI (친숙한 그래픽 사용자 인터페이스), 간단한 명령 줄 구문 또는 재사용 가능한 프로그래밍 애플리케이션 인터페이스 (API)를 통해 jaligner를 사용하는 것이 쉽습니다.
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