cytoscopape. 분자 상호 작용 네트워크 및 생물학적 경로를 시각화하기위한 오픈 소스 생물 정보학 소프트웨어 플랫폼
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cytoscopape. 순위 및 요약

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cytoscopape. 설명

분자 상호 작용 네트워크 및 생물학적 경로를 시각화하기위한 오픈 소스 생물 정보학 소프트웨어 플랫폼 Cytoscopape는 분자 상호 작용 네트워크 및 생물학적 경로를 시각화하고 주석, 유전자 발현 프로파일 및 기타 상태 데이터와 함께 이러한 네트워크를 통합하기위한 오픈 소스 생물 정보학 소프트웨어 플랫폼입니다. 이제는 생물 연구를 위해 원래 설계되었습니다. 이제는 복잡한 네트워크 분석을위한 일반 플랫폼입니다. 시각화. Cytoscopapapapape 핵심 분배는 데이터 통합 및 시각화를위한 기본적인 기능 세트를 제공합니다. 추가 기능은 플러그인으로 사용할 수 있습니다. 플러그인은 네트워크 및 분자 프로파일 링 분석, 추가 파일 형식 지원, 스크립팅, 새 레이아웃 및 데이터베이스와의 새로운 레이아웃 및 연결을 사용할 수 있습니다. 플러그인 커뮤니티 개발을 기반으로하는 Cytoscopappe Open API를 사용하여 누구나 개발할 수 있습니다. 다음은 "cytoscopape"의 몇 가지 주요 기능이 있습니다. 많은 표준을 지원합니다. · Cytoscopape는 SIF (간단한 상호 작용 형식), GML, XGMML, BioPax, PSI-MI, SBML, OBO 및 Gene Association을 포함하여 많은 표준 네트워크 및 주석 파일 형식을 지원합니다. 구분 된 텍스트 파일 및 MS Excel 통합 문서도 지원되며 표현식 프로파일 또는 다른 응용 프로그램 또는 스프레드 시트 프로그램에서 생성 된 Annotations와 같은 데이터 파일을 가져올 수 있습니다. 이 기능을 사용하면 노드, 가장자리 및 네트워크에 임의의 속성을로드하고 저장할 수 있습니다. 예를 들어 단백질에 대한 사용자 정의 주석 용어 세트를 입력하여 단백질 - 단백질 상호 작용에 대한 신뢰 가치 세트를 만듭니다. 웹 서비스 클라이언트 : · Cytoscopape는 웹 서비스 클라이언트로 작동합니다. 이는 Cytoscopape이 외부 공개 데이터베이스에 직접 연결하고 네트워크 및 주석 데이터를 가져올 수 있음을 의미합니다. 현재 통로 공동체, 손상되지 않은, 바이오 마트, NCBI Entrez 유전자 및 PICR이 지원됩니다. 그리고 우리는 인기있는 데이터베이스에 대한 새로운 서비스 클라이언트를 계속 개발합니다. 상호 운용성 : · CytoScopape는 가져 오기 / 내보내기 표준 파일 형식을 지원하므로 CytoscopapapapapapApe을 워크 플로우에 쉽게 넣을 수 있습니다. 예를 들어, IGRAPH 또는 Bioconductor에 의해 생성 된 네트워크 데이터가있는 경우, Cytoscopape는 파일을 텍스트 테이블로로드 할 수 있으며 다른 생물 정보학 도구 또는 자신의 프로그램 / 스크립트의 PSI-MI 형식으로 내보낼 수 있습니다. 세션 파일 : · 한 번의 클릭으로 작업을 저장할 수 있습니다. 모든 설정, 데이터 파일 및 시각화는 세션 파일에 포장됩니다. Cytoscopape 세션 (.cys) 파일이라고합니다. Cytoscopape 세션 파일에는 네트워크, 속성 (노드 / 가장자리 / 네트워크 용), 데스크탑 상태 (선택한 / 숨김 노드 및 모서리, 창 크기), 속성, 일부 플러그인 상태 및 시각적 스타일이 포함됩니다. 요구 사항 : · Java SE 5 이상

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