Pynifti.Àº ÆÄÀ̽㠳»¿¡¼ Nifti À̹ÌÁö¿¡ ½±°Ô ¾×¼¼½º ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. | |
Áö±Ý ´Ù¿î·Îµå |
Pynifti. ¼øÀ§ ¹× ¿ä¾à
±¤°í
- ƯÇã:
- Freeware
- °¡°Ý:
- FREE
- °Ô½ÃÀÚ À̸§:
- Michael Hanke
- °Ô½ÃÀÚ À¥»çÀÌÆ®:
- http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/hanke
- ¿î¿µÃ¼Á¦:
- Mac OS X 10.5 or later
- ÆÄÀÏ Å©±â:
- 583 KB
Pynifti. ű×
Pynifti. ¼³¸í
Python ³»¿¡¼ Nifti À̹ÌÁö¿¡ ½±°Ô ¾×¼¼½º ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù Pynifti´Â Nifti ÂüÁ¶ ¶óÀ̺귯¸®¿¡ Swig-Generated Wrappers¸¦ »ç¿ëÇϸç Python ½ºÅ¸ÀÏÀ»À§ÇÑ NiftIimage Ŭ·¡½º¸¦ Á¦°øÇÕ´Ï´Ù. À̹ÌÁö Data.nifti´Â Nifti Data Format Working Group¿¡¼ Á¦¾ÈÇÑ »õ·Î¿î ºÐ¼® ½ºÅ¸ÀÏ µ¥ÀÌÅÍ Çü½ÄÀÔ´Ï´Ù. ±â´ÉÀû MRI µ¥ÀÌÅÍ ºÐ¼® ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾î ÆÐÅ°ÁöÀÇ ÀÛµ¿ °£ ÀÛµ¿À» ¿ëÀÌÇÏ°ÔÇϱâ À§ÇØ ÃøÁ¤ÇÕ´Ï´Ù. " ÇÑÆí ÅøŶÀº Nifti-aware (¿¹ : FSL, AFNI, SPM, FreeSurfer ¹× A°¡ ƯÁ¤ ÇÐÀ§µµ BrainVoyager)ÀÔ´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ DICOMNIFTI´Â DICOM À̹ÌÁö¿¡¼ NIFTI Çü½ÄÀ¸·Î Á÷Á¢ º¯È¯À» Çã¿ëÇÕ´Ï´Ù. ¾ÆÁ÷ pynifti°¡ ¿Ï·áµÇÁö ¾Ê¾Ò½À´Ï´Ù (Áï, C ¶óÀ̺귯¸®°¡ ¼öÇà ÇÒ ¼öÀÖ´Â ¸ðµç °ÍÀ» Áö¿øÇÏÁö ¾Ê½À´Ï´Ù). ÀÌ¹Ì LibniftiioÀÇ °¡Àå Áß¿äÇÑ ±â´É¿¡ ´ëÇÑ ¾×¼¼½º¸¦ Á¦°øÇÕ´Ï´Ù ±â´É ¹× Nifti-1 µ¥ÀÌÅÍ Çü½Ä. Âü°í : Pynifti´Â MIT ¶óÀ̼¾½º Á¶°Ç¿¡ µû¶ó Á¦°øµÇ°í ¶óÀ̼¾½º°¡ Á¦°øµË´Ï´Ù. ´ÙÀ½Àº "pynifti"ÀÇ ¸î °¡Áö ÁÖ¿ä ±â´ÉÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ Pynifti´Â libniftiio¿¡¼ Áö¿øÇÏ´Â ÆÄÀÏ Çü½ÄÀ» ÀÐ°í ¾µ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¿©±â¿¡´Â Nifti (´ÜÀÏ ¹× ½Ö)»Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó ºÐ¼® ÆÄÀÏÀ» ºÐ¼®ÇÏ´Â °Íµµ Æ÷ÇԵ˴ϴÙ. ¡¤ Pynifti´Â ¼ýÀÚ°¡ ¼ýÀÚ·Î À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ºü¸£°í Æí¸®ÇÏ°Ô ¾×¼¼½º ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. À̸¦ ÅëÇØ »ç¿ëÀÚ´Â ÆÄÀ̽㿡¼ »ç¿ëÇÒ ¼öÀÖ´Â ¼ýÀÚ ·çƾÀ» ´ëºÎºÐ (¸ðµÎ°¡ ¾Æ´Ñ °æ¿ì) À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅ͸¦ ó¸® ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¼ýÀÚ ¹è¿Àº ÀÚµ¿À¸·Î Nifti À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ÇØ´çÇÏ´Â µ¥ÀÌÅÍ À¯ÇüÀ» »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. ºÒÇÊ¿äÇÑ ÄÄÇ»ÅÍ°¡ ¼öÇàµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ¡¤ Pynifti´Â Nifti Çì´õ µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ´ëÇÑ Àüü ÀÐ±â ¹× ¾²±â ¾×¼¼½º¸¦ Á¦°øÇÕ´Ï´Ù. Çì´õ Á¤º¸´Â ÆÄÀ̽㠻çÀüÀ¸·Î ³»º¸³¾ ¼ö ÀÖÀ¸¸ç »çÀüÀÇ Á¤º¸¸¦ »ç¿ëÇÏ¿© ¾÷µ¥ÀÌÆ® ÇÒ ¼öµµ ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ ÆÄÀÏ¿¡¼ Nifti µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ¾×¼¼½ºÇÏ´Â °Í ¿Ü¿¡µµ Pynifti´Â ¼ýÀÚ·Î NIFTI À̹ÌÁö¸¦ ¸¸µé ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀûÀýÇÑ Nifti Çì´õ Á¤º¸´Â ¾î·¹ÀÌ ¼Ó¼ºÀ¸·ÎºÎÅÍ °áÁ¤µË´Ï´Ù. Ãß°¡ Çì´õ Á¤º¸¸¦ ¼±ÅÃÀûÀ¸·Î ÁöÁ¤ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÇÊ¿äÇÑ °æ¿ì Nifti À̹ÌÁö¸¦ ½±°Ô º¹Á¦ ÇÒ ¼ö ÀÖÁö¸¸ »ç¼ÒÇÑ ¼öÁ¤À» ½±°Ô »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ Nifti À̹ÌÁöÀÇ ´ëºÎºÐÀÇ ¼Ó¼ºÀº ¾ØƼ¸®ÀÌmageÀÇ ¼Ó¼º ¹× / ¶Ç´Â Á¢±Ù ÀÚ ±â´ÉÀ» ÅëÇØ ¾×¼¼½º ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. »óÈ£ Á¾¼Ó¼º ¼Ó¼ºÀº ÇÊ¿äÇÑ °æ¿ì ÀÚµ¿À¸·Î ¾÷µ¥ÀÌÆ®µË´Ï´Ù (¿¹ : Q ¾ç½Ä ¸ÅÆ®¸¯½º¸¦ ¼öÁ¤Çϸé PIXDIM Ư¼º ¹× ÄõÅʹϾð Ç¥ÇöÀ» ¾÷µ¥ÀÌÆ®ÇÕ´Ï´Ù). ¡¤ ¸ðµç ¼Ó¼ºÀº Python ½ºÅ¸ÀÏ µ¥ÀÌÅÍ À¯ÇüÀ» ÅëÇØ ¾×¼¼½º ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. 4x4 ¸ÅÆ®¸¯½º´Â 16 °³º° ¼ýÀÚ°¡ ¾Æ´Ñ ¹è¿ÀÔ´Ï´Ù. ¡¤ Pynifti´Â °ø¿¬ °¡´ÉÇÏ°Ô ºü¸£°Ô ºü¸¨´Ï´Ù. À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍ´Â ÇÊ¿äÇÑ °æ¿ì¿¡¸¸ ¸Þ¸ð¸®¿¡·ÎµåµË´Ï´Ù. ÀϺΠÇì´õ µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ¾×¼¼½ºÇϱâ À§ÇØ Nifti ÆÄÀÏÀ» ¿±â ¸¸Çϸé À̹ÌÁöÀÇ Å©±â¿Í µ¶¸³ÀûÀ¸·Î Áö¿¬À̾ø´Â Áö¿¬¾øÀÌ ¼öÇàµË´Ï´Ù. À̹ÌÁö Å©±â Á¶Á¤ ¶Ç´Â µ¥ÀÌÅÍ À¯Çü º¯È¯À» ¼öÇàÇÏÁö ¾ÊÀ¸¸é À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍ°¡ Nifti À̹ÌÁö¿¡ ÀÇÇØ °øÀ¯µÇ°í ¼ýÀÚ µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ¾×¼¼½º ÇÒ ¼ö ÀÖÀ¸¹Ç·Î ¸Þ¸ð¸®´Â À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍÀÇ Áߺ¹ º¹»çº»À¸·Î ³¶ºñµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ±×·¯³ª À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍÀÇ Å©±â¸¦ Á¶Á¤ÇÏ°í ij½ºÆÃÇÏ·Á´Â °æ¿ì À̹ÌÁö µ¥ÀÌÅÍÀÇ º¹»çº»À» ¸¸µå´Â µ¥ÁÖÀÇÇؾßÇÕ´Ï´Ù (niftiimage.asarray () ¸Þ¼µåÀÇ Docstring ÂüÁ¶). ¡¤ Pynifti´Â ¼ýÀÚÀÇ MemMap ¹è¿À» ÅëÇØ ¸Þ¸ð¸® ¸ÅÇÎ µÈ ¾×¼¼½º¸¦ Á¦°øÇÏ¿© ºñ ¾ÐÃà µÈ Nifti ¶Ç´Â ÆÄÀÏÀ» ºÐ¼® ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀÌ ¸ðµå¿¡¼´Â ¸ÕÀú ¸Þ¸ð¸®¿¡·Îµå ÇÒ ÇÊ¿ä¾øÀÌ ¸ðµç Å©±âÀÇ ±âÁ¸ ÆÄÀÏÀ» ¼öÁ¤ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀÌ ¸±¸®½º¿¡¼´Â »õ·Î¿î ±â´É : ¡¤ÀÌ ¸±¸®½º´Â API¸¦ ¾ÈÁ¤È½ÃÅ°´Â ½Ã¸®ÁîÀÇ Ã¹ ¹ø°·Î Nafti1 Ç¥ÁØÀ» ¿ÏÀüÈ÷ Áö¿øÇÏ¿© Pynifti 1.0À» ¸¶Ä§³»·Î °¡Á® ¿À´Â ½Ã¸®ÁîÀÔ´Ï´Ù. ¡¤ Àüü ÆÐÅ°Áö°¡ À籸¼ºµÇ¾ú½À´Ï´Ù. Æ÷ÇÔ µÈ`nifti.nifti (À̹ÌÁö, Çü½Ä, Ŭ¸®ºê)`nifti (À̹ÌÁö, Çü½Ä, Ŭ¸®ºê)``nifti.nifti (À̹ÌÁö, Çü½Ä, Ŭ¸®ºê)`. ¸®µð·º¼Ç ¸ðµâ ±âÁ¸ »ç¿ëÀÚ Äڵ尡 ºÎ·¯ÁöÁö ¾ÊÁö¸¸, »ç¿ëÇÏÁö ¾ÊÁö¸¸, Pynifti 1.0ÀÇ ¸±¸®½º·Î »èÁ¦ µÉ ¼ö ÀÖµµ·Ï Á¦°ÅµË´Ï´Ù. ¡¤ Serializable Python °³Ã¼¸¦ Nifti ÆÄÀÏ Çì´õ¿¡ Æ÷ÇÔ½Ãų ¼öÀִ Ư¼ö È®Àå ±â´ÉÀÌ Ãß°¡µÇ¾ú½À´Ï´Ù. ÀÌ È®ÀåÀÇ ³»¿ëÀº °¢ ÁÂȸÀüÀÇ`.meta` ¼Ó¼º¿¡ ¿äû½Ã ÀÚµ¿À¸·Î È®ÀåµË´Ï´Ù. µð½ºÅ©¿¡ ÆÄÀÏÀ» ÀúÀåÇÒ ¶§ »çÀüÀÇ ³»¿ë µµÀÌ È®Àå ÇÁ·Î±×·¥¿¡ ÀÚµ¿À¸·Î ´ýÇÁµË´Ï´Ù. ÆÄÀÏ Çì´õÀÇ Äڵ尡 ½ÇÁ¦·Î ½ÇÇàµÇ¹Ç·Î ³»Àå ¸ÞŸ µ¥ÀÌÅÍ°¡ ÀÚµ¿À¸·Î·ÎµåµÇÁö ¾Ê±â ¶§¹®¿¡. ¹®¼´ÂÀÌ À§ÇèÀ» ¸í½Ã ÀûÀ¸·Î ¾ð±ÞÇÕ´Ï´Ù. ¡¤ Ãß°¡ : Ŭ·¡½º :`~ nifti.extensions.niftExtensions`. ÀÌ°ÍÀº Nifti1 Çì´õ È®ÀåÀ» ¾×¼¼½ºÇÏ°í Á¶ÀÛÇÏ´Â ÄÁÅ×ÀÌ³Ê¿Í °°Àº 󸮱âÀÔ´Ï´Ù. ¡¤ ³ëÃâ : Ŭ·¡½º : ¡¸~ nifti.image.memmappedniftiimage` ·çÆ® ¸ðµâ¿¡ÀÖ´Ù. ¡¤ ÀÌÀü : FUNC : ¸ðµå : ´ÙÀ½¿¡`~ nifti.utils.cropImage``~ nifti.utils` ¸ðµâ. ¡¤ Áö±Ý ½ºÇÎÅ©½ººÎÅÍ ¹®¼¸¦ »ý¼ºÇÏ´Â µ¥ »ç¿ëµË´Ï´Ù. ÀÌ ¸ðµâ ±âÁØÀÌ ´ëüÇÏ´Â ±âÁ¸ API ÂüÁ¶°¡ Æ÷ÇԵǾî ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ Ãß°¡ µÈ ¹æ¹ý : ¸ÞŸ :`~ nifti.format.NiftiFormat.vx2q`°ú : ¸ÞŸ :`~ nifti.format.NiftiFormat.vx2s` °¢°¢ QFORM ¶Ç´Â sform¿¡ ÀÇÇØ Á¤ÀÇ µÈ ÁÂÇ¥·Î º¹¼¿ÀÇ À妽º·Î º¯È¯ÇÕ´Ï´Ù. ÆÄÀÏÀ» ÀúÀåÇÒ ¶§ ¡¤ NIfTI Çì´õÀÇ`cal_min`¿Í`cal_max` °ªÀ» ¾÷µ¥ÀÌÆ® ÀÌÁ¦ Á¶°ÇÀÌÁö¸¸, ³²¾Æ´Â ±âº»ÀûÀ¸·Î »ç¿ë. ¡¤ Àüü Äõ¸®¿¡ ´ëÇÑ ¹æ¹ýÀÇ ¼³Á¤ Ãà ´ÜÀ§¸¦ ¼öÁ¤ÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ ÆíÁý °¡´ÉÇÑ`xyz_unit`¿Í`time_unit` Çʵ忡 Çì´õ »çÀü¿¡ ÀÌÀü`xyzt_units` Çʵå È®ÀåÀÌ Æ÷ÇԵǾî ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀüÀÚ`xyzt_units` Çʵå´Â ´õ ÀÌ»ó »ç¿ëÇÒ ¼ö ¾ø½À´Ï´Ù. ¡¤ Äõ¸® ¹× manuipulate QFORM ¹× sform Äڵ忡 ´ëÇÑ ¹æ¹ýÀÇ Àüü ¼¼Æ®. ¡¤ °¢ À̹ÌÁö ÀνºÅϽº´Â ÀÌÁ¦`__str __ ()`¸¦ ÅëÇØ °¡Àå Áß¿äÇÑ Çì´õ Á¤º¸ÀÇ »ç¶÷ÀÌ ÀÐÀ» ¼öÀÖ´Â ´ýÇÁ¸¦ »ý¼º ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ : Ŭ·¡½º :`~ nifti.image.NiftiImage` °³Ã¼°¡ ÀÌÁ¦ ÀýÀÎ ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ ÆÐÅ°Áö¸¦ ±¸ÃàÇϱâÀ§ÇÑ NumPy¿ÍÀÇÀÇ distutils·Î Àüȯ. û¼Ò ¹× ºôµå ÀýÂ÷¸¦ °£¼ÒÈ. ²Ü²© ²Ü²© È£Ãâ¿¡ ÃÖÀûÈ Ç÷¡±×¸¦ Ãß°¡Çß½À´Ï´Ù. ¡¤ : ATTR :`nifti.image.NiftiImage.filename`´Â ÀÌÁ¦ ÆÄÀÏ À̸§À» ÁöÁ¤ÇÏ´Â µ¥ »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¡¤ ¼Ò°³ : µ¥ÀÌÅÍ :`nifti .__ version__` Á¤½Ä ¹öÀü ¹®ÀÚ¿·Î. ¡¤ Á¦°Å`updateQFormFromQuarternion ()`ÀÇ °ø°³ ¹æ¹ýÀÇ ¸ñ·Ï¿¡¼ : Ŭ·¡½º :`~ nifti.format.NiftiFormat`. ÀÌ°ÍÀº »ç¿ëÀÚ Äڵ忡 »ç¿ëÇؼ´Â ¾È ³»ºÎ ¹æ¹ýÀÌ´Ù. ±×·¯³ª, »õ·Î¿î ¹æ¹ý¿¡ ´ëÇÑ ¸®µð·º¼Ç PyNIfTI 1.0 ¶§±îÁö ÀÚ¸®¿¡¼ À¯ÁöµË´Ï´Ù. ¡¤ ¹ö±× ¼öÁ¤ : ¸ÞŸ°¡ :`~ nifti.image.NiftiImage.getScaledData`ÇÕ´Ï´Ù (NIfTI Ç¥ÁØ¿¡¼ ¿ä±¸ÇÏ´Â) slope`°¡ 0À¸·Î ¼³Á¤µÇ´Â '°æ¿ì ¼öÁ¤µÇÁö ¾ÊÀº µ¥ÀÌÅÍ ¹è¿À» ¹ÝȯÇÕ´Ï´Ù. º¸°í Å丶½º ·Î½º¿¡°Ô °¨»çµå¸³´Ï´Ù. ¡¤ ¹ö±× ¼öÁ¤ : À¯´Ï ÄÚµå ÆÄÀÏ À̸§Àº ÀÌÁ¦ ±×µéÀÌÇÕ´Ï´Ù (NIfTI ¶óÀ̺귯¸®¸¦ Áö¿øÇÏÁö ¾Ê±â ¶§¹®¿¡) ¼ø¼ö À¯´Ï ÄÚµå ¹®ÀÚ¸¦ Æ÷ÇÔÇÏÁö ¾Ê´Â ÇÑ, ÀûÀýÇÏ°Ô Ã³¸®µË´Ï´Ù. ÀÌ ¹®Á¦¸¦º¸°í ÇÑ Á¶Áö¾Æ? ³ Varoquaux¿¡°Ô °¨»çµå¸³´Ï´Ù.
Pynifti. °ü·Ã ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾î