Bioimagexd. 다차원 생물 의학 이미지의 분석 및 시각화를위한 무료 오픈 소스 소프트웨어
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Bioimagexd. 설명

다차원 생물 의학 이미지의 분석 및 시각화를위한 무료 오픈 소스 소프트웨어 BioImageXD는 멀티 차원, 다중 데이터 채널, 시계열 이미지 데이터를 현미경 및 기타 소스에서 분석, 처리 및 렌더링하는 데 도움이되는 무료 오픈 소스 소프트웨어입니다. 다음은 "bioimagexd"의 주요 기능이 있습니다. 이미지보기 : 일반적인 현미경 포맷 (또는 이미지 및 시계열의 이미지 또는 스택)의 데이터를 열고 이미지별로 데이터 이미지를 봅니다. 지원되는 데이터 형식은 다음과 같습니다. · Carl Zeiss .lsm 파일 · OLYMPUSFV1000 .IIF. · Leica 공 촛점 현미경 데이터 SP2 .txt 및 sp5 .lif · 번호가 매겨진 이미지 스택 가져 오기 · VTK XML 이미지 파일 · 이미지보기는 무료 칼 Zeiss 및 기타 공 촛점 제조업체 이미지 뷰어와 대략 비슷하지만 더 나은 3D 렌더링을 사용합니다. 보기 모드 Avaialble은 슬라이스, 정사각형 섹션, 최대 강도 프로젝션 및 3D 렌더링입니다. 시계열 데이터가 지원됩니다. 이미지 처리 : · 색상 / 밝기 / 대비 / 감마, 데이터 세트 / 채널의 색상 또는 팔레트를 변경하고, 노이즈를 필터링하고, 시계열 데이터의 형광 표백을 위해 올바른 경우. · 3D 세분화 및 개체 ananlysis. 3D 볼륨 렌더링 : · 3D 데이터 세트는 대화식으로 렌더링 할 수 있습니다. · 소프트웨어 레이 캐스팅 (더 많은 프로세서가 느려지지 만) · OpenGL 그래픽 카드 텍스처 매핑 (텍스처 메로 컨 사이즈에 따라 더 빨리하지만 낮은 해상도) · Terarecon Inc. VolumePro1000 하드웨어 레이 캐스팅 보드 (개발 지원) · 색상 및 불투명도 전송 기능은 완전히 사용자 정의됩니다. 볼륨 렌더링이 병합 된 다중 채널 RGB 데이터 집합을 3D로 콜로라 칼레이션을 보거나 3D colocalisation 맵을 렌더링 할 수 있습니다. BioImageXD는 OpenGL과 VTK 인터페이스를 사용합니다. 우리는 하드웨어 스테레오보기 (쿼드 버퍼링 된 페이지 뒤집기 및 빨간색 - 파란색 Anaglyph 및 기타 모드)를 활성화 할 계획입니다. 당신은 그 3D 안경을 깨뜨릴 수 있고 실제로 당신의 데이터를 볼 수 있습니다! 이것은 3D 현미경의 미래입니다. 영화 제작 : · 애니메이터 모듈을 사용하여 3D 데이터 주변의 카메라 경로를 설정하고 원하는 방식을 확대 / 축소하지만 비행하는 영화를 만드십시오. 시계열 데이터는 "4D 데이터"가 지원됩니다. · colocalisation 분석 · 공 촛점 현미경을 사용하는 세포 생물 학자들이 항상 colocalisation을 찾고 있습니다! 우리의 colocalisation 도구를 사용하면 멀티 채널 3D 데이터 세트에서 신호 강도의 colocalisation을 분석하고 z-stack 투사 이미지에서 볼 수있는 colocalisation의 문제를 피하고 양의 양과 품질에 대해 열심히 숫자를 제공하는 통계 분석을 수행 할 수 있습니다. 귀하의 데이터의 colocalisation. 비슷한 알고리즘을 ImageJ의 것, 예를 들어 자동 colocalisation 임계 값을위한 WCIF 플러그인을 사용하여 비용 절감 방법을 사용합니다. · 2D 히스토그램 / 산란 스푼 및 결과 통계 수출과 의수 계수 및 통계적 유의 분석

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