APBS. 나노 스케일 생체 분자 시스템의 정전기 적 특성을 평가하기위한 소프트웨어
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APBS. 순위 및 요약

APBS. 태그

평가하다 평가자 정전기 상호 작용 정전기

APBS. 설명

나노 스케일 생체 분자 시스템의 정전기 특성을 평가하기위한 소프트웨어 APBS는 짠 수용액의 분자 용제 사이의 정전 상호 작용을 설명하기위한 가장 인기있는 연속체 모델 중 하나 인 Poisson-Boltzmann 방정식 (PBE)의 수치 솔루션을위한 소프트웨어 패키지입니다 .APBS의 목표는 그러한 시뮬레이션의 정전기 특성을 효율적으로 평가하는 것입니다. 수백만에 수백만 수백만에 수백만에 의한 분자의 조사를 가능하게하기 위해 광범위한 길이의 저울에서 .Continuum 정전기학은 다음을 포함하여 생체 분자 시뮬레이션의 여러 영역에서 중요한 역할을합니다 : - 리간드 단백질 및 단백질을 결정하기위한 확산 과정의 시뮬레이션 - 프로테임 결합 동역학 - 리간드 - 단백질 및 단백질 - 단백질 평형 결합 상수를 결정하고 합리적인 약물 설계, 생체 분자 적정 연구에 도움이되는 생체 분자, 용매 및 결합 에너지 계산의 암시 적 용제 분자 역학 - BSD 라이센스 및 MIT 라이센스 조건에 따라 배포됩니다. 이 릴리스에서는 새로운 기능 : 새로운 기능 : · APBS 사용자 가이드 및 튜토리얼을 MediaWiki로 이동했습니다 · 병렬 계산을 위해 OpenMPI 지원이 추가되었습니다 · 오팔 작업 제출을위한 명령 줄 지원 (Samir Unni의 코드) · 전체 경로 이름이 따옴표 ( "")에있는 한 입력 파일에 공백을 포함하는 허용 된 경로 이름 · '테스트 만들기'및 관련 기능을 문서화했습니다 수정 : · 경계 조건을 설정할 때 데이터 배열을 통해 BCCALC 함수 BCCALC를 선형으로 3 월까지 수정했습니다. 이렇게하면 어레이 및 모서리의 가장자리에 그리드 점 중 복제가 제거됩니다. · 입력 맵, PQRS, 매개 변수 파일 등에 할당 된 ID에 대한 명확한 설명서 · VMD의 APBS 작업 디렉토리 경로의 공백에 대해 경고하는 튜토리얼 업데이트; 업데이트 된 사용자 가이드 Windows의 APBS 설치 경로의 공백에 대해 경고하기 · 설치 프로그램을 발행하기 전에 '테스트 만들기'가 실행되도록 재구성되었습니다 (위쪽 디렉토리에서 실행할 수 있음) · VMD에서 기본 제공 지원 대신 도구 디렉토리에서 도구 디렉토리에서 도구 / 시각화 / VMD 제거 · 이제 경로 길이가 80자를 초과 할 수 있습니다. · 확장 된 저자 목록 · 'Test-Opal 만들기'가 사후 설치 테스트로 추가됨 (예제 설치 디렉토리에서 실행) · Garcia-Garcia 및 Draper가 사용하는 실험적 조건을 더 잘 포함하기 위해 단백질 -RNA 테스트 케이스에 추가 농도가 추가되었습니다. 이렇게하면 게시 된 데이터와의 합의가 향상됩니다 버그 수정: · 사용자 가이드 (이온 키워드)의 고정 오타 및 SMPBE 키워드 사용법 · 사용자 가이드의 고정 오타 (Writemat : Poission -> Poisson) · Robert의 패치로 Psize.py를 업데이트하여 일부 (매우) 희귀 한 경우의 미세 그리드 번호의 일관성없는 할당을 수정합니다. · 경계 조건 할당이있는 버그가 수정되었습니다. 이것은 모든 계산에 잠재적으로 영향을 줄 수 있습니다. 그러나 아마도 충격이 제한적이었을 것입니다. 많은 테스트 케이스는 버그 수정 후 동일한 결과를주었습니다. 가장 큰 가치 변화는 <0.07 %였습니다.

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