| 클로 소트 계통 발생 나무를 정렬 할 수있는 오픈 소스 솔루션 |
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계통 발생 나무를 정렬 할 수있는 오픈 소스 솔루션 Phylosort는 운영 분류 단위 (OTUS)가 정의한 모노폰 윤리 그룹을 포함하는 사용자 지정 하위 트리를 검색하여 계통 발생 나무를 정렬 할 수있는 오픈 소스 Java 도구입니다 .phylosort는 두 개의 검색 모드, 포함 (기본값) 및 독점적 인 두 가지 검색 모드를 제공합니다. : · 독점적 인 모드에서는 쿼리 그룹 (들)의 택사가 트리에 존재하고, 그 중복을하고 나무를 일치하는 나무로 생각하는 자격을 얻으려면 모노폰 (monophyletic clade) 내에 위치해야합니다. · 포함 모드에서 독점적 인 모드의 제한은 그분 밖의 트리의 다른 곳의 다른 곳에 위치한 쿼리 택사에서 추가적인 분류자가 있는지 여부에 관계없이 "자격이있는"모노폰 (Fallifying) "모노폰 (monophyletic clade)이 허용됩니다. 다음은 "Phylosort"의 주요 기능이 있습니다. · 분류군 그룹 간의 모노폰 틱 관계를 검색합니다. · 부트 스트랩에 의한 필터링은 모노폰과 관련된 지원 값입니다. · 트리 복잡성 (트리의 분류 수)에 의한 필터링. · 가족 복잡성에 의한 필터링 (나무에서 분류당한 유전자 수). · 트리 클러스터 (유전자 가족)에 나무 (유전자)를 클러스터링합니다. · 분류학 참조 트리를 사용하여 OTU를 그룹화합니다. · 뉴 믹 구문 분석, 트리 탐색 및 재전송과 같은 트리 데이터 구조를 조작하기위한 공통 절차의 깨끗하고 재사용 가능한 구현. · 트리 뷰어 (ATV)를 사용하여 트리 토폴로지를 시각화합니다.
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