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분자 시퀀스의 베이지안 MCMC 분석을위한 크로스 플랫폼 앱 짐승 (베이지안 진화 분석 샘플링 트리)은 분자 시퀀스로 인한 진화론 적 추론을위한 자유롭고 오픈 소스 적용입니다. 필수품은 분자 서열의 Bayesian MCMC 분석을위한 교차 플랫폼 앱입니다. 짐승은 엄격한 또는 이완 된 분자 클럭 모델을 사용하여 추론 된 뿌리, 시간 측정 된 계통 발생을 향해 완전히 배향되어 있습니다. 필수성을 재구성하는 방법으로 사용할 수 있지만 단일 트리 토폴로지에 컨디셔닝하지 않고 진화론 적 가설을 테스트하기위한 틀이기도합니다. 짐승은 MCMC를 사용하여 트리 공간을 평균하여 각 트리가 뒤쪽 확률에 비례하는 것입니다. 다음은 "짐승"의 주요 기능이 있습니다. · 일정한 속도 분자 시계 모델. · 기본 모델입니다. 트리는 돌연변이율을 지정하여 보정 할 수 있습니다. · 가변 비율 (완화) 분자 클럭 모델. · Drummond, Ho, Phillips 및 Rambaut (2006, PLOS Biology)의 비 상관없는 편안한 시계 모델을 구현합니다. · 발산 날짜 추정치. · 가장 최근의 일반적인 조상 (MRCA)에 대한 발산 날짜는 추정 할 수 있습니다. · 비 동시 서열 (Tipdate) 분자 클럭 모델. · 시퀀스와 관련된 날짜의 차이가 전체 나무의 나이의 상당 부분을 구성 할 때이 날짜는 대체 속도에 대한 정보의 원인을 제공하는 모델에 통합 될 수 있습니다. · 대체 모델 이질성 사이트 전역. · 다른 대체 모델은 다른 사이트 세트에 대해 지정할 수 있습니다. 예를 들어, 각 코돈 위치는 다른 치환 매트릭스 및 γ 모델의 속도 이질성을 허용 할 수 있습니다. · 유연한 모델 사양. · 모델 사양 파일 형식은 상당한 유연성을 허용합니다. 예를 들어, 각 코돈 위치가 다른 속도, 다른 속도 이질성이지만 동일한 천이 / 횡단율을 갖는 것으로 지정할 수 있습니다. · 대체 모델의 범위. · 짐승 (베이지안 진화 분석 샘플링 트리)은 분자 서열의 진화론 적 추론을위한 자유롭고 오픈 소스 적용이다. · 매개 변수에서 유연한 프리 컨트리. · 모든 매개 변수를 이전에 제공 할 수 있습니다. 예를 들어, 나무의 루트의 나이는 주어진 평균으로 비축을받을 수 있습니다. · 인구 크기와 성장의 합병 모델. · 합계 인구 증가의 다양한 모델을 사용할 수 있습니다. 현재, 일정한 크기와 지수 성장을 이용할 수 있지만 곧 더 많이 첨가 될 것입니다. 이러한 모델은 기본적으로 나무의 노드 노드의 시대에있는 프리퍼 역할을하지만 매개 변수 (인구 크기 및 성장률)를 샘플링하고 추정 할 수 있습니다. · 다중 궤적 합력 모델. · 두 개의 연결된 유전자는 동일한 합쳐진 인구 모델이지만 다른 대체 공정과 나무로되어 다중 궤적 유전원의 생산을 허용 할 수 있습니다. · 지역 시계 분자 시계 모델. · 나무의 다른 겉옷이 다른 속도 (또는 실제로 완전히 다른 대체 프로세스)를 갖도록 허용합니다. 이 릴리스에서는 새로운 기능 : 새로운 기능 : · Beast의 GUI 버전은 명령 줄에서만 사용할 수있는 다양한 옵션을 설정하는 대화 상자를 표시합니다. 버그 수정: · 문제 55 : MCMC 화면 로그가 현재 작동하지 않습니다. · 70 호 : 코돈 위치로의 아름다움과 파티션 · 문제 72 : Beauti는 Hard Limit GTR 모델 매개 변수를 제한해야합니다. · 112 호 : Ctrl-A의 Beauti -> 예외 · 문제 127 : Beauti 이전 패널, 이전 상지 및 하단이 표시되지 않습니다. · 무한대 · 문제 128 : Beauti : 나무 사전의 물류 성장을 위해 사용할 수 없습니다 · 교정 · 이슈 146 : Beauti : 이진 코비 린 모델 · Issue 169 : Beauti의 파일 이름 스템 편집은 삽입을 일으 킵니다. · 끝까지 점프를 가리킨다 · Issue 173 : Beauti : 부분적으로 링크 예외 · Issue 181 : Beauti : 추가 할 때 기본 동작으로 향상된 기능이 필요합니다. · 모든 링크 후 추가 정렬 · 193 호 : 개선 된 컨버전스 진단 : 효과적인 크기를 계산합니다. · 샘플을 연결하여 결합 된 실행 · 문제 194 : Beauti : 값을 변경할 때 사전 설정 예외 · Issue 199 : 배수가 발생할 때 첫 번째 로그 파일 항목 만 표시합니다. · 항목이 같은 이름을 가지고 있습니다 · 201 장 201 : MCMC 패널에서 파일 이름 스템 편집 원인 삽입 포인트 · 끝까지 뛰어 내리기 · Issue 202 : JDK 1.6 클래스를 생성하는 스크립트 빌드 그래서 배포가 실패합니다. · JDK 1.5가있는 기계에서 · 발행 203 : Nucleotidelikelihoodcore.dll의 링크에 영향을 미치는 Launch4J 버그 · 문제 204 : Beauti : 트리 사전 일정한 크기가 노드 교정을 위해 작동하지 않습니다. · 발행 205 : Windows를 사용하여 콘솔에서 간단한 정보가 사라졌습니다. · 짐승을 운영하는 파라마터 · 문제 209 : 병원균 복용량은 컴파일되지 않습니다 · 문제 211 : Beauti : 아미노산 사이트 모델 XML이 잘못되었습니다. · 문제 212 : 짐승 리눅스 버전 : chmod 755 필요 * · 문제 215 : Mac 포장의 기본 메모리 할당이 너무 작습니다. · 문제 216 : Linux 포장을위한 기본 메모리 할당이 너무 작습니다. · 문제 217 : Mac OS X 포장 문제 · 문제 218 : 짐승 입력 대화 상자 오류 "잘못된 입력 값 · 1과 21474863647 사이 여야합니다 " · 문제 220 : 명령 줄에서 짐승을 시작하는 쉘 스크립트는 대처할 수 없습니다. · 경로의 공백이 있습니다. · 이슈 221 : Beauti의 대체 모델 운영자 · 222 호 : 'treelikelihood'의 이름 지정만이 1 개의 파티션 만있을 때 · 문제 223 : '운영자 분석'파일 이름을 속성으로 설정하십시오. · MCMC 요소 · 문제 225 : TREEPARTITIONGEALESCHESC가 존재하지 않습니다 · 문제 226 : release_parsers.properties의 파서를 업데이트해야합니다. · 문제 227 : BEASTDOC 수정 BEAST 사용자를위한 태그 문서 생성 · 229 호 : 테스트 프레임 워크의 또 다른 실패 · 문제 231 : 실적 측정 시작 지연 · 전체 평가 · 이슈 232 : 맥 (Windows?) 버전의 짐승은 오류에 콘솔을 닫습니다. · 문제 234 : 두려운 "초기 후부가 0"오류가 발생합니다. · 디버그에 더 친숙합니다 · 문제 236 : Dr.EvoModel.Operators.TraitGibbSoperator가 복제됩니다 · reventor_parser.properties 또는 beastparser.java의 파서 · 문제 237 : Beauti : 큐턴 세트 다중 트리 파티션 처리되지 않음 · 문제 238 : 1 개의 파티션 만있을 때 '패턴'의 이름 지정 · 이슈 240 : Beauti : Treelikelihood의 USEMGUATION은 기본적이어야합니다. · Binay Covarion의 경우에 해당합니다 · 문제 242 : Beauti : UseMiguity를 선택하기 위해 확인란을 만듭니다. · 바이너리 데이터를위한 treelikeliohood · 문제 244 : 긴급 : 기본 사전 검토 · 문제 247 : Beauti : 경험적 이진을 선택하는 주파수에서 잘못된 XML · 코럴 모델 · 문제 248 : Beauti Exception (* Beast)에 대한 동일한 분류자를 연결할 때 · 총 TAXA를 주어진 트리 모델 · 문제 250 : Beauti : 멀티 유전자를위한 잘못된 정렬 블록을 선택할 때 · "빈 정렬 생성" · 문제 253 : Beauti 기본 프리퍼를 확인하려면 팝업 상자를 추가하십시오. · 야수 파일 생성을 클릭합니다 · 문제 254 : Beauti 생성 XML 버튼은 모든 데이터 후에 비활성화해야합니다. · 파티션이 제거되었습니다 · 문제 255 : 릴리스 된 버전의 기본적으로 파서 경고를 끄십시오. · 문제 256 : Beauti : XML에 의견 추가 "Skyride.LogPopsize는 로그 단위입니다. · 다른 팝업과 달리 " · 문제 257 : Beauti : 이진 데이터 및 여러 파티션이 생성되지 않습니다. · SiteModel이 올바르게 · 문제 259 : Beauti : Mac OS MCMC 패널 문제 · 문제 260 : Beauti : 정확한 영어 · ISS 261 : ID NULL이있는 ERROR 파싱 요소 · 문제 262 : TestCataclySmcoalexting.xml의 XML이 잘못되었습니다 · 문제 264 : ImportException : Number Format 오류

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