반복 함수 시스템 큰 게놈을 쉽게 시각화하십시오
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반복 함수 시스템 설명

큰 게놈을 쉽게 시각화하십시오 Iterated 기능 시스템은 Chaos Game Decoration CGR (Jeffrey 1990)의 대형 게놈의 시각화를위한 무료이며 사용하기 쉬운 도구입니다. CGR은 DNA 시퀀스를 컬러 이미지로 변환합니다 (오른쪽 그림). 모든 픽셀은 n-mer라는 n 개의 심볼의 짧은 순서에 해당합니다. 픽셀의 색상은 분석 된 시퀀스에서 n-mer 주파수를 반영합니다. 시각화의 주요 파라미터, 즉 시각화에서 사용되는 게놈의 영역은 창 맨 위에있는 슬라이더에 의해 제어됩니다. 사용자는 시작 위치와 길이를 입력하거나 슬라이더 컨트롤을 사용하여 게놈을 통해 신속하게 영역을 이동하여 영역을 직접 지정할 수 있습니다. 영역의 실제 위치 및 길이는 슬라이더 컨트롤에 해당 크기가있는 빨간색 막대로 표시됩니다 .GENEBANK 포맷은 유전자, mRNA 등과 같은 게놈 기능의 사양을 포함 할 수 있으며 입력 파일에서 추출되고 창의 기능 부분에 나열됩니다. 사용자가 기능을 선택하면 설명이 오른쪽 부분에 설명이 표시됩니다. Visualize 버튼을 사용하여 선택한 기능을 즉시 시각화 할 수 있습니다. 이를 통해 단일 클릭으로 게놈의 중요한 부분을 쉽게 분석 할 수 있습니다. 시각화의 매개 변수는 시각화 설정 섹션에 나열됩니다. 색상 범위, 즉 올리고머 주파수의 색상 히트 맵의 변환을 조정할 수 있습니다. 최소값은 붉은 색으로 파란색과 최대 값으로 표시됩니다. 컬러 범위의 자동 조정이 선택되면 최대 값은 항상 재 계산되어 가장 빈번한 올리고머를 붉은 색으로 표시합니다. 동시에 낮은 고주파가있는 올리고머의 강조 표시는 컬러 히트 맵의 대수 스케일에 의해 달성 될 수 있습니다. 로그 (카운트)가 카운터 값에 적용됩니다.

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