ncbix :: BigFetch. NCBI EUTILS를 사용하여 키워드 검색에 따라 매우 큰 NCBI 시퀀스 결과 세트를 견고하게 검색합니다.
지금 다운로드

ncbix :: BigFetch. 순위 및 요약

ncbix :: BigFetch. 태그

뉴욕 시퀀스 키워드 검색 NCBI 시퀀스 ncbi eutils. eUtils

ncbix :: BigFetch. 설명

NCBI Eutils를 사용하여 키워드 검색을 기반으로 매우 큰 NCBI 시퀀스 결과 세트를 강력하게 검색합니다. NCBIX :: BIGFETCH는 텍스트 쿼리가있는 NCBI에서 매우 큰 결과 세트를 다운로드하는 데 유용한 Perl 모듈입니다. 첫 번째 사용은 단일 키워드 검색 결과로 11,000,000 개가 넘는 시퀀스가있었습니다. yaml을 사용하여 네트워크 또는 서버가 인터럽트 실행을 방해하는 경우 프로젝트 상태를 유지하기 위해 구성 파일을 만들기 위해 구성 파일을 사용합니다.이 경우 마지막 일괄 처리가 끝나면 쉽게 다시 시작할 수 있습니다. "Project ID"및 "기본 디렉토리"로 구성되고 저장된 텍스트 파일에서. 각 파일에는 이름에 프로젝트 ID가 포함됩니다. project_id 및 base_dir 키는 "쿼리"키를 설정하지 않으면 매번 "Apoptosis"에 대해 동일한 검색을 수행 할 수 있지만 유일한 필수 키입니다. 어떤 경우에도 프로젝트가 시작되면 두 개의 매개 변수 만 다시로드 할 필요가 있습니다. 데이터 파일을 게이트합니다. 1) WebEnv 키 및 2) 구성 파일을 포함하는 초기 검색 결과 구문 분석 된 데이터를 저장하고 다운로드를 픽업하고 누락 된 배치 또는 sequence를 복구하는 데 사용됩니다. "return_max"키에 따라 일괄 처리에서 검색됩니다. 기본적으로 "인덱스"는 1에서 시작됩니다. 인덱스가 "Count".Occasionally 오류가 발생할 때까지 다운로드가 계속되고 전체 배치가 다운로드되지 않습니다. 이 경우 "index"가 "누락 된"목록에 추가됩니다. 이 목록은 구성 파일에 저장됩니다. 누락 된 배치를 매일 다운로드해야하며 완전한 Run.Working 스크립트의 끝이 스크립트 디렉터리에 포함될 때까지 저장되지 않아야합니다. fetch-all.pp fetch-lissed.pp fetch-unavailable.ppthe 권장 워크 플로우는 다음과 같습니다. 1. 스크립트를 복사하고 특정 프로젝트에 대해 편집하십시오. 새 번호를 프로젝트 ID로 사용하십시오. 2. fetch-all.pp를 실행하여 다운로드를 시작하십시오. 이는 먼저 쿼리를 제출하고 결과 WebEnv 키를 프로젝트 특정 구성 파일 (Yaml 사용)에 저장합니다. 3. 이튿날 아침, FETCH-ALL.PP 프로세스를 죽이고 완료 될 때까지 FETCH-BECKEN.PP를 실행하십시오. 4. FETCH-ALL.PP를 다시 시작하십시오. "사용할 수 없음"시퀀스를 다시 다운로드하려면 fetch-unavailable.pp를 실행할 수 있습니다. 그러나 일반적으로 완료되면 쿼리 결과 집합이 훨씬 커지면 FETCH-ALL.PP의 끝에서 다운로드됩니다. WebEnv Times Out이므로 이전 프로젝트의 마지막 인덱스로 새 프로젝트를 시작하십시오. 거기에서 결과 세트를 선택합니다 (새로운 WebEnv). (계획된 업그레이드는 자동으로 다른 검색을 시작합니다.) 경고 : 다운로드가 여러 프로젝트를 통해 확장되면 (매우) 몇 가지 순서를 잃을 수 있습니다. 그러나 우리의 테스트는 서로 며칠 이내에 동일한 쿼리로 생성 된 일괄 처리가 크게 동일합니다 .Synopsis는 NCBIX :: BIGFETCH를 사용합니다. # 매개 변수 My $ params = {project_id => "/ home / user / data", db => "단백질", 쿼리 => "apoptosis", return_max => "500"}; # 프로젝트 시작 My $ Project = ncbix :: BigFetch-> 새 ($ params); # 인쇄가있는 사람을 좋아합니다. "저자 :". $ project-> authors (). "\N"; # {$ Project-> get_next_batch (); } # 누락 된 일괄 처리 ($ Project-> men next_batches ()) {$ Project-> get_missing_batch (); } # 사용할 수없는 IDS 내 $ IDS = $ Project-> unavailable_ids (); # 사용할 수없는 ID를 검색 할 수 없음 $ ID (@ $ IDS) {$ PROJECT -> get_sequence ($ ID); } 요구 사항 : · Perl.

ncbix :: BigFetch. 관련 소프트웨어