Hapcluster ++ HAPCluster ++는 합쳐진 이론을 사용하여 불평형 가변형 매핑을위한 소프트웨어 패키지입니다.
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Hapcluster ++ 순위 및 요약

Hapcluster ++ 태그

결합 C ++ 구현 연쇄 불균형 유전자 매퍼 Hapcluster ++. 불균형

Hapcluster ++ 설명

Hapcluster ++는 합쳐진 이론을 사용하여 불평형 가변형 매핑을위한 소프트웨어 패키지입니다. Hapcluster ++는 Soconticticte Theory를 사용하여 연동 불평등 맵핑을위한 소프트웨어 패키지입니다 .Hapcluster ++는 고밀도 마커 맵을 사용한 미세한 링키지 - 불균형 유전자 맵핑을위한 Bayesian Markov-Chain Monte Carlo (MCMC) 방법을 기반으로합니다. 맵 클러스터 ++는 C ++ 구현입니다. 아래의 종이에 설명 된 방법 (원래 구현은 R)입니다. 설치 : HAPCluster ++는 C ++로 작성되며 소스 코드 (GNU 일반 공중 라이센스, GPL) 및 Linux RPM 파일로서 2 진 버전으로 사용할 수 있습니다. 소스 코드는 다양한 Linux 및 UNIX 시스템에서 성공적으로 컴파일되었습니다. Linux 이외의 아키텍처에 대한 제한된 액세스 만 있으므로 다른 플랫폼에 대한 바이너리 배포판을 만들 수는 없지만 누구나 배포판을 기꺼이 빌드하는 경우이 사이트에서 그들을 만드는 것 이상으로 행복 할 것입니다. 소스 파일은 먼저 파일의 압축을 푼 다음 '구성'을 실행하고 마지막으로 '만들기'를 실행합니다. 빌드가 성공적 이었음을 테스트하려면 '확인'을 실행하십시오. 프로그램을 설치하려면 '설치'를 실행하십시오. $ tar zxf hapcluster-version.tar.gz $ cd hapcluster-version $ ./configure $ make $ make $ make $ make installUsage를 확인하십시오. make installusage : hapcluster ++는 명령 줄에서 시작하여 마커 위치가 포함 된 파일과 단계적 일대일을 포함하는 파일을 입력 한 파일을 입력합니다. : $ hapcluster positions.txt haplotypes.txt 일각형 파일의 형식은 일회형이 공간 분리 된 대립 유전자 목록으로 표현되는 일회 유형 당 한 줄이며 각 대립 유전자는 '0'또는 '1 ' 일배 체형은 쌍으로 유전자형으로 사용되므로 짝수 J 및 J + 1은 개별 J / 2의 일각형으로 짝수 숫자를 위해 취해집니다. 첫 번째 열은 사례 / 대조법에 사용되는 '의사 대립 유전자입니다 : 첫 번째 열에있는 이분법에 사용되는'0 '은 일배 체형이 대조적 인 일각형이고 첫 번째 열에서'1 '은 의미하는 것을 의미합니다. 일배 체형은 사례 일로 타입입니다. 실행될 때, 프로그램은 질병 유전자의 후방 밀도에서 샘플을 출력합니다. 이 샘플은 예를 들어 다른 소프트웨어 패키지에서 분석 할 수 있습니다. R. 기본적으로 질병 궤적의 샘플은 표준 아웃에 기록되지만 옵션 -o를 사용하여 파일로 변경할 수 있습니다. -o - 이것은 특히 Verbose 모드에서 HAPCluster를 실행할 때 특히 권장됩니다 (옵션 -V). hapcluster를 실행하려면 HAPCluster가 허용 한 명령 줄 옵션의 전체 목록을 얻으려면 다음 릴리스에서 새로운 기능 : ·이 버전은 SNPFile 버전 2.0 형식의 포트입니다.

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