 | Dawgpaws.식물 게놈에서 유전자 및 전이 요소의 주석을 가속화하는 Perl로 작성된 명령 줄 프로그램 세트 |
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Dawgpaws. 순위 및 요약
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Dawgpaws. 태그
Dawgpaws. 설명
PERL로 작성된 명령 줄 프로그램 세트, 식물 게놈에서 유전자 및 전이 요소의 주석을 가속화합니다. DawgPaws Suite의 스크립트는 Genedawgpaws 모두에 대한 높은 처리량 생성 생성을 촉진하도록 설계되었습니다. Perl로 작성된 스크립트 제품군은 BAC 크기의 Contigs의 시퀀스 주석에서 분산 된 주석 작업 그룹 (DAWG)을 지원할 수있는 스크립트입니다. 이 소프트웨어 세트는 처음에는 무작위로 샘플링 된 밀 BACs에 주석을 달기 위해 쓰여졌으므로 밀 SEQUNCES (발)를 어노텍 인 파이프 라인으로 표시됩니다. 이러한 프로그램은 처음에 밀을 위해 설계되었지만 거의 모든 진핵 시퀀스 어노테이션 파이프 라인에 스크립트를 적용 할 수 있습니다. DawgPaws Suite의 스크립트는 유전자 주석 및 전나무 요소 주석 모두에 대한 높은 처리량 생성 생성을 촉진하도록 설계되었습니다. 기존 시퀀스 Anotation 프로그램. 이러한 결과는 개별 주석 프로그램의 기본 출력에서 표준 GFF 파일 형식으로 변환됩니다. GFF 파일은 간단한 탭 DELMITED 텍스트 파일이므로 단일 시퀀스에 대한 여러 계산 결과는 고양이와 같은 표준 텍스트 마니노 도구를 사용하여 쉽게 연결할 수 있습니다. 고양이와 Dawgs가 함께 놀 수있는 증거. DawgPaws는 Apollo 게놈 주석 케이션 도구를 사용하여 시각화 및 계산 결과의 큐 레이션을 사용하여 용이하게하는 추가 도구를 제공합니다. DawgPaws의 일련의 명령 줄 프로그램을 통한 것입니다. 이러한 프로그램은 일반적으로 일부 버전의 UNIX / Linux 운영 체제를 실행하는 높은 프리폼 머신에서 원격으로 실행될 것이므로 명령 줄 인터페이스가 선택되었습니다. 명령 줄 Inteface가 모든 프로그램에 대해 작성 되었으므로이 제품군을 사용하려면 Perl에 대한 특별한 지식이 필요하지 않습니다. 그러나 일부 Perl 스크립트는 외부 Perl 모듈에 의존하기 때문에 Perl에 대한 작업 지식은 DawgPawsa 원고를 Cite DawgPawsa 원고에 대해 인용하는 데 도움이 될 때 도움이됩니다. 이 원고가 게시 될 때 까지이 프로그램을 사용하여 DawgPaws SourceForge 웹 사이트를 참조하십시오. JL Bennetzen을 사용하십시오. 2009. 식물 게놈의 유전자 및 전이 원소의 주석을위한 DawgPaws 파이프 라인. Annotation ProgramsDAWGPAWS에는 다음 독립 실행 형 프로그램 및 웹 사이트의 계산 증거와 함께 작동하는 스크립트가 포함되어 있습니다. 주석 프로그램 이름을 클릭하여 다음 프로그램에 대한 정보를 얻을 수 있으며 스크립트 이름을 클릭하여 DAWGPAWS 스크립트에 대한 설명서를 얻을 수 있습니다. 이러한 프로그램 설치 및 사용에 대한 자세한 내용은 DAWGPAWS 매뉴얼을 참조하십시오. 주석 프로그램은 DAWGPAWS 프로그램에 포함되어 있지 않으므로 별도로 설치해야합니다. 다음은 "dawgpaws"의 몇 가지 주요 기능이 있습니다. · 주석 파이프 라인에 대한 시퀀스 준비를위한 FASTA 파일 조작 · 시퀀스 어셈블리의 갭 주석 · 높은 처리량 파이프 라인에서 AB INITIO 유전자 화상 및 전이 요소 주석 프로그램 실행 클러스터 컴퓨팅 프레임 워크에서 사용하기에 적합 · BLAST 파이프 라인 · 일반적인 GFF 파일 형식으로 주석 소프트웨어의 출력 변환 · game.xml 형식으로 GFF 파일의 변환 도움말 명령 줄 플래그를 사용하여 모든 명령 줄 프로그램에서 사용할 수 있습니다. 도움말 정보 및 완전 수동 파일은 일부 프로그램에 대한 아직 개발 중입니다. progname는 개별 프로그램의 이름입니다 액세스 도움말 : · progname의 사용법 · 필요한 인수에 대한 정보와 기본적인 사용법 메시지를 생성 · progname의 --help · 필요한 인수 및 모든 옵션을 포함하는보다 광범위한 도움말 메시지를 생성 · progname의 --man · 프로그램에 대한 전체 사용 설명서를 볼 수 개별 프로그램 · 매뉴얼 페이지는 DAWGPAWS 웹 사이트에서 사용할 수 있으며 DAWGPAWS 제품군의 릴리스 - 1.0 다운로드에 포함된다. 요구 사항 : · Perl.
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