Bio :: Tree :: 호환 가능 BIO :: TREE :: 호환 가능은 중첩 된 분류군과 계통 발생 나무의 호환성을 테스트하기위한 PERL 모듈입니다.
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Bio :: Tree :: 호환 가능 순위 및 요약

Bio :: Tree :: 호환 가능 태그

phylogenetic. 계통 발생 나무 나무 중첩 된 분류자 호환성 테스트

Bio :: Tree :: 호환 가능 설명

Bio :: Tree :: 호환 가능은 중첩 된 분류군과 계통 발생 나무의 호환성을 테스트하기위한 Perl 모듈입니다. Bio :: Tree :: 호환 가능은 중첩 된 택시로 계통 발생 트리의 호환성을 테스트하기위한 Perl 모듈입니다. Synopsis는 Bio :: Tree :: Compatible을 사용합니다. Bio :: Treeio; MY $ INPUT = NEW BIO :: TREEIO ( '- 형식'=> 'newick', '파일'=> 'input.tre'); MY $ T1 = $ INPUT-> NEXT_TREE; MY $ T2 = $ INPUT-> NEXT_TREE; My ($ INCOMPAT, $ ILABELS, $ inode) = $ T1-> IS_COMPATIBLE ($ T2); if ($ INCOMPAT) {MY % CLUSTER1 = % {$ T1-> cluster_representation}; 내 % cluster2 = % {$ T2-> cluster_representation}; "호환되지 않는 TRESN"인쇄; if (scalar (@ $ ilabels)) {foreach my $ label (@ $ ILabels) {my $ node1 = $ t1-> find_node (-id => $ label); 내 $ node2 = $ T2-> find_node (-id => $ label); my @ c1 = @ {$ cluster1 {$ node1}} 정렬; my @ c2 = @ {$ cluster2 {$ node2}} 정렬; "라벨 $ 레이블"인쇄; "클러스터"인쇄; 지도 {print "", $ _} @ c1; "클러스터"인쇄; 지도 {print "", $ _} @ c2; "n"을 인쇄하십시오; }} if (scalar (@ $ inodes)) {while (@ $ inodes) {my $ node1 = shift @ $ inodes; MY $ NODE2 = SHIFT @ $ inodes; my @ c1 = @ {$ cluster1 {$ node1}} 정렬; my @ c2 = @ {$ cluster2 {$ node2}} 정렬; "클러스터"인쇄; 지도 {print "", $ _} @ c1; "제대로 교차 클러스터"인쇄; 지도 {print "", $ _} @ c2; "n"을 인쇄하십시오; }}} else {print "호환 treesn"; } Bio :: Tree :: 호환 가능은 바이오 :: Tree :: Tree 객체로 표현 된 중첩 된 분류군으로 계통 발생 트리의 호환성을 테스트하기위한 Perl 도구입니다. 이는 클러스터 표현의 관점에서 반 표지 된 나무의 조상 호환성의 최근 특성화를 기반으로합니다. 반 표지 된 나무는 내부 노드 중 일부가있는 계통 발생 트리이며 분류 트리뿐만 아니라 분류 트리를 나타낼 수 있습니다. 중첩 된 분류자가있는 계통 발생 트리는 그 자손보다 더 높은 수준의 집계 또는 중첩보다 높은 수준의 내부 노드가있는 레이블이 붙은 내부 노드가 있으며, 일반적인 레이블에 대한 토폴로지 제한이 각 노드 레이블에 대해 호환 가능합니다. 각 나무에있는 가장 작은 클러스터는 일치하고 다른 트리의 클러스터가 올바르게 교차합니다. Bio :: Tree :: Compatible의 다른 Tree.Future 확장자가 제대로 교차하지 않습니다. 바이오 :: Tree :: Supertree 포함 호환 가능한 계통 발생 나무와 중첩 된 송뢰가있는 모듈을 일반적인 수퍼 트리에 결합하기위한 모듈. 요구 사항 : · Perl.

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