Bio :: Seq :: PrimedSeq.

시퀀스의 표현과 표적 영역을 측면하는 두 개의 프라이머의 표현
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Bio :: Seq :: PrimedSeq. 순위 및 요약

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Bio :: Seq :: PrimedSeq. 태그


Bio :: Seq :: PrimedSeq. 설명

시퀀스의 표현과 표적 영역을 측면하는 두 개의 프라이머의 표현 Bio :: Seq :: PrimedSeq은 서열을 나타낸 서열과 두 개의 프라이머가 대상 영역을 측면하는 표현입니다. 식별력은 (i) 아마도 (i), 바이오 :: 도구 :: Run에서 # 출력을 얻을 수 있습니다. : primer3, bio :: tools :: primer3 또는 # bio :: 도구 :: pcrsimulation : # 예를 들어 FASTA 파일로 시작 BIO :: SEQIO; BIO :: TOOLS :: RUN :: PRIMER3; 내 $ file = shift || "읽을 파일이 필요합니다"; 내 $ seqin = bio :: seqio-> new (-file => $ file); 내 $ seq = $ seqin-> next_seq; # primer3을 사용하여 일부 프라이머를 디자인하려면 $ primer3run = bio :: 도구 :: Run :: primer3-> new (-seq => $ seq); $ primer3run -> 실행; # 기본 매개 변수로 실행 # 내 $ seqout = bio :: seqio-> new (-file =>> primed_sequence.gbk ", - format => 'genbank)에 결과를 씁니다. # 지금은 모든 결과를 얻고 밖으로 쓸 수 있습니다. while (my $ 결과 = $ primer3run-> next_primer) {$ seqout-> write_seq ($ 결과 -> annotated_seq); } # 또는 (ii) 시퀀스 및 그 동족 # 프라이머에 대한 GenBank 파일을 만드는 방법 : Bio :: Seqio; Bio :: Seq :: PrimedSeq; # 템플릿이있는 시퀀스 파일 ($ 파일)과 두 개의 프라이머 #가 일치하는 두 개의 프라이머 #, FASTA 형식으로 MY $ FILE = SHIFT || "$ 0"; 내 $ seqin = bio :: seqio-> new (-file => $ file); # 3 개의 시퀀스 내 ($ template, $ freePrimer, $ riveprimer) = ($ seqin-> next_seq, $ seqin-> next_seq, $ seqin-> next_seq); # primed sequence object 내 $ primedseq = bio :: seq :: primedseq-> new (-seq => $ template, -left_primer => $ newprimer, -right_primer => $ rickprimer); # 내 $ seqout = bio :: seqio-> new (-file => "> primed_sequence.gbk", -format => 'genbank ")를 출력하기위한 파일을 엽니 다. # 시퀀스 출력 $ seqout-> write_seq ($ primedseq-> annotated_sequence)를 인쇄합니다. # 이는 두 개의 프라이머가 레이블이있는 겐 뱅크 파일을 출력해야합니다.이 모듈은 프라이밍 된 서열을 포함하는 약간 영광의 캡슐입니다. 프라이머가 SeqFeature 이상이라는 사실을 해결하기 위해 만들어졌으며 복합체와 관련된 프라이머 시퀀스 복합체와 동작 및 속성을 나타내는 방법이 필요합니다. 요구 사항 : · Perl.


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