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  • Stefan Kirov
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  • http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/Matrix/PSM/InstanceSite.pm

BIO :: MATRIX :: PSM :: Instantsite. 태그


BIO :: MATRIX :: PSM :: Instantsite. 설명

BIO :: MATRIX :: PSM :: Instantsite는 PSM 사이트 아이콘입니다. BIO :: MATRIX :: PSM :: Instantsite는 PSM 사이트 ascructor입니다 .Synopsis는 bio :: matrix :: psm :: Instantsite; # youue 파일에서 인스턴스 테인 객체를 가져올 수 있습니다 : my ($ 인스턴스, $ matrix) = $ somepsmfile-> parse_next; # memory my % params = (seq => 'tataat', id => "tatabox1", accession => 'ensg00000122304', mid => 'tb1', desc => 'tata box, 실험적으로 PRM1 유전자에서 검증 됨' , relpos => - 35); PSM 사이트 발생에 대한 추상 인터페이스 (PSM 시퀀스 일치). 인스턴스 테인 객체는 PSM을 설명하는 데 사용될 수 있습니다 (BIO :: MATRIX :: PSM :: SiteMatrix) 시퀀스 일치 항목. 이러한 일치의 일반적인 특성은 시퀀스 좌표, 점수, 시퀀스 및 시퀀스 (유전자) 식별자 - 가입 번호 또는 다른 ID입니다.이 객체는 BIO :: LOCATABLESEQ (실제 시퀀스를 정의)로부터 상속 받고 사용 된 SiteMatrix 객체를 보유 할 수 있습니다. CRE (CIS-Regulatory 엘리먼트)를 탐지 하거나이 CRE에서 생성합니다. 문서는 Motif ID와 유전자 ID (가입) 조합이 고유해야한다고 문서화되어 있어야합니다. 동일한 유전자의 업스트림 영역에서 동일한 CIS- 조절 요소. 따라서 RELPOS는 정말로 고유 한 조합을 만드는 세 번째 요소가 될 것입니다. 요구 사항 : · Perl.


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