BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STORE :: DBI :: MySQL

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BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STORE :: DBI :: MySQL 설명

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STORE :: DBI :: MySQL은 BIO :: DB :: SeqFeature :: Store의 MySQL 구현입니다. BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STORE :: DBI :: MYSQL은 BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STEE.SYNOPSIS의 MYSQL 구현입니다. BIO :: DB :: SEQFEATURE :: STORE; # 시퀀스 데이터베이스 열기 My $ db = bio :: db :: seqfeature :: store-> new (-adaptor => dbi :: mysql ", -dsn => dbi : mysql : test); # 어딘가에서 기능을 얻으십시오 $ 기능 = 바이오 :: seqfeature :: 일반 -> 새로 만들기 (...); # $ DB-> 저장소 ($ 기능)를 저장하거나 "저장할 수 없었습니다!"; #이 기능의 기본 ID가 데이터베이스에 기본 ID #을 나타 내기 위해 변경됩니다 ... My $ ID = $ feature-> primary_id; #이 기능을 가져 오십시오 $ F = $ DB-> 가져 오기 ($ ID); # 기능을 변경하고 $ F-> 시작 (100)을 업데이트하십시오. $ DB-> 업데이트 ($ F) 또는 DIE "업데이트 할 수 없습니다!"; # Searching ... # ... ID by @features = $ DB-> fetch_many (@list_of_ids); # ... name @ features = $ db-> get_features_by_name ( 'zk909'); # ... alias @ features = $ DB-> get_features_by_alias ( 'SMA-3'); # ... @ features = $ DB-> get_features_by_name ( '유전자'); # ... 위치 @Features = $ DB-> get_features_by_location (-seq_id => 'chr1', - start => 4000, -end => 600000); # ... 속성 @Features = $ DB-> get_features_by_Attribute ({description => protein kinase '}) # ... GFF "참고"필드 @Result_List = $ DB-> search_notes ('kinase '); # ... 선택기의 임의로 @Features = $ DB-> 기능 (-name => $ name, -type => $ types, -syp_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ end, - attributes => $ 속성); # ... iterator 사용 My $ iterator = $ DB-> get_seq_stream (-name => $ name, -type => $ types, -syp_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ 끝, - attributes => $ 속성); while (my $ feature = $ iterator-> next_seq) {# 기능} # ... 특정 영역으로 검색을 특정 영역으로 제한 내 $ segment = $ DB-> 세그먼트 ( 'chr1', 5000 => 6000) ...에 @Features = $ segment-> 기능 (-type => ); # 순서 정보 얻기 및 저장 # 경고 : 문자열을 반환하고 PrimarySeq 객체 $ DB-> insert_sequence ( 'chr1', 'gatccccccggatcaaaa ...')를 반환합니다. 내 $ sequence = $ db-> fetch_sequence ( 'chr1', 5000 => 6000); # 데이터베이스에서 새 기능을 만듭니다. $ db-> new_feature (-primary_tag => mrna ', -seq_id =>'chr3 ', -start => 10000, -end => 11000); 요구 사항 : · Perl.


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