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BIO :: 도구 :: RUN :: PiseApplication :: Fasta. 순위 및 요약

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  • Catherine Letondal
  • 게시자 웹사이트:
  • http://search.cpan.org/~birney/bioperl-run-1.4/Bio/Tools/Run/PiseApplication/fasta.pm

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BIO :: 도구 :: RUN :: PiseApplication :: Fasta. 설명

BIO :: Tools :: Run :: PiseApplication :: Fasta는 시퀀스 데이터베이스 검색을위한 BioPerl 클래스입니다. BIO :: TOOLS :: RUN :: PiseApplication :: Fasta는 시퀀스 데이터베이스 검색을위한 BioPerl 클래스입니다 .Parameters : FASTA (Excl) FASTA 프로그램 쿼리 (시퀀스) 쿼리 시퀀스 파일 파이프 : SEQFILE SEQTYPE (EXCR)은 DNA 또는 단백질입니다. Sequence (-n) Protein_DB (Excl) 단백질 데이터베이스 nucleotid_db (excl) 뉴 클레오 티드 데이터베이스 break_long (정수) 긴 라이브러리 시퀀스를 블록 (-n) ktup (정수) kTUP로 나누기 ktup : 검색의 감도 및 속도 (단백질 : 2, DNA : 6) OPTCUT (정수) OPTCUT : 최적화를위한 임계 값. (-c) Gapinit (정수) GapInit (정수) 갭 개시에 대한 페널티 (-12, DNA 용 -16 용 -16) (-F) GAPEXT (정수) GAPEXT (기본적으로 단백질로 FASTA의 경우 -2) 4 DNA 용 4) (-g) HALE_EXPECT (FLOAT) 점수 및 정렬 (-E) LOW_EXPECT (FLOAT) 디스플레이의 최대 기대치 임계 값 점수 및 정렬 (-F) NUCLEOTID_MATCH (Integer) 보상을위한 최소한의 기대치 임계 값을 뉴클레오티드에 대한 보상 뉴클레오티드 불일전 (-R) 매트릭스 (-r) 매트릭스 파일 (-s) x_penalty (정수) "x '(팸 매트릭스와 독립적으로)에 대한 매트릭스 (-r) nucleotid_mismatch (integer) 패널티 (- x) 프레임 시프트 (정수) 코돈 (Fast / tfast ) (- h) frameshift_within (integer) 페널티 codon (Fasty / TFasty) (- j) 3 프레임 (스위치) 검색 3 개의 앞 전방 프레임 (TFASA) (-3) 반전 (스위치) 반전 (스위치)은 쿼리 시퀀스 (모든 TFASTA) (-I) 유전학 CODE (EXCR)를 사용하여 유전 적 C를 사용합니다. 번역 용 ODE (TFASA / TFAST / FAST ) (-T) 밴드 (정수) 밴드 폭 - 최적화 (-yy) Swalig (스위치) DNA (-a)에 대한 무제한 스미스 워터맨 정렬 - NOOPT (스위치) 제한 최적화 없음 (-o) stat (excl) 통계 계산을 지정합니다. (-z) 랜덤 (스위치) 각 라이브러리 시퀀스 (-z) 히스토그램 (스위치)의 셔플 링 된 사본에서 히스토그램 (-h) 점수 없음 (-b) Alns (integer) ) 표시 할 정렬 수 (-d) HTML_OUTPUT (스위치) HTML 출력 (-M) MARKX (excl) init1 점수를 기반으로 z-score (z-score)에 의해 순위가 매겨진 정렬 init1 (스위치) 시퀀스의 일치 및 불일치의 대체 표시 -1) Z_SCORE_OUT (excl) show 정규화 점수 (-b) showall (switch) 모두 정렬 (FASTA 만 해당) (-a) linlen (integer) 출력 라인 길이의 순서 정렬 (최대 200) ) (-w) 오프셋 (문자열) 위치 x1 x2 (2 숫자) (-X) info (스위치) 위치에서 정렬 된 시퀀스 번호 매기기를 시작합니다. 이 파일 (-R) 필터 (스위치) 소문자 필터링 (-S) OUTFILE (OUTFIL)에 대한 시퀀스 식별자, 수퍼 패밀리 번호 및 유사성 점수 e) 파이프 : mview_input html_outfile (Outfile) 요구 사항 : · Perl.


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