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테이블 Perl Object. BioPerl 모듈 코돈 테이블 바이오 폰 코돈

BIO :: 도구 :: CONDONTABLE. 설명

BIO :: Tools :: CodonTable은 BioPerl 코돈 테이블 객체입니다. Bio :: Tools :: CodonTable은 BioPerl 코돈 테이블 객체입니다. 식 노프 # 이는 알려진 모든 코돈 테이블의 읽기 전용 클래스입니다. ID는 뉴클레오타이드 시퀀스 데이터베이스가 사용하는 것들을 사용합니다. 모든 일반적인 IUPAC # DNA, RNA 및 Animo 산에 대한 모호성 코드가 인식됩니다. # 사용할 수있는 바이오 :: 도구 :: CodonTable; # 기본값은 ID 1 "Standard"$ mycodontable = bio :: Tools :: CodonTable-> new (); $ mycodontable2 = 바이오 :: 도구 :: 코디 콜 -> new (-id => 3); # 코돈 테이블 변경 $ MyCodonTable-> ID (5); # 코돈 테이블을 검사하십시오. Print Join ( '', ""코돈 테이블의 이름 ", $ mycodonTable-> ID (4),": ", $ mycodontable-> name (),"n "); # CODON $ AA = $ MYODONTABLE-> 번역 ( 'ACU'); $ aa = $ mycodontable-> 번역 ( 'ACT'); $ aa = $ mycodontable-> 번역 ( 'ytr'); # reverse amino acid @codons = $ mycodontable-> revtranslate ( 'a'); @codons = $ mycodontable-> revtranslate ( 'ser'); @codons = $ mycodontable-> RevTranslate ( 'GLX'); @codons = $ mycodontable-> RevTranslate ( 'cys', 'rna'); #Boolean 테스트 인쇄 "$ myCodonTable-> IS_START_CODON ( 'ATG') 인 경우 Startn"입니다. PRINT "$ MYOCODONTABLE-> IS_TER_CODON ( 'tar'); PRINT "$ MYODONTABLE-> IS_UNKNOWN_CODON ( 'JTG') 인 경우"알려지지 않은 "입니다. 코돈 테이블은 변환 테이블 또는 유전학 코드라고도합니다. NCBI 유전자 코드 홈 페이지에서 제시된 다양한 분류 그룹에서 코돈 사용의 완전한 복잡성에 대한 조금 더 많은 완전한 그림 .CodonTable은 1 차 뉴클레오타이드 시퀀스 데이터베이스 (GenBank, EMBL 및 DDBJ)에서 사용되는 모든 전류 번역 테이블을 알고있는 바이오 폰 클래스입니다. ~의 그것은 코돈과 아미노산 간 테이블과 관계에 관한 정보와 계급과 그 방법이 DNA, RNA 및 animo 산에 대한 모든 일반적인 IUPAC 모호성 코드를 인식 한 방법을 제공합니다. 번역 방법은 EMBL 및 Trembl 데이터베이스의 규칙을 따르고 핵산 성적 증명서의 RNA와 cDNA 표현을 분리하는 불가능합니다. 코딩 할 수없는 객체는 두 유형의 코돈을 입력으로 받아 들여 사용자가 역방향 변환시 출력 모드를 설정할 수 있습니다. 출력의 기본값은 dna.note입니다.이 클래스는 주로 개별 코돈과 아미노산으로 처리합니다. 그러나 속도의 관심에서는 더 긴 시퀀스를 번역 할 수 있습니다. 단백질 번역의 완전한 복잡성은 BIO :: PrimarySeqi :: 번역에 의해 처리됩니다. 요구 사항 : · Perl.

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