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펩타이드 :: Pubmed는 Medline 제품 초록에서 펩타이드 서열을 추출 할 수있는 Perl 모듈입니다. 펩타이드 :: Pubmed는 Medline 제품 추상에서 펩타이드 서열을 추출 할 수있는 Perl 모듈입니다. 식 노프 사용 펩티드 :: Pubmed; $ parser = 펩타이드 :: pubmed-> new; $ in = {pmid => q , 저자 => Q , 저널 => Q , 제목 => q , 추상 => Q , 메쉬 => Q , 화학 => Q ,}; $ parser-> parse_abstract ($ in); # 1 문자 기호로 펩타이드 시퀀스를 얻으십시오 (# 결합 된 단어 / 추상 점수가 임계 값 이상인 모든 단어 선택 : # wordabstscore> = wordabstscoremin) : @seqs = $ parser-> get_seqs; "@seqsn"을 인쇄하십시오; # 인쇄 : 'Eyhhynk RGD'Examples # 위와 동일하게, 임계 값을 명시 적으로 설정하십시오 : $ Parser-> WordAbstscoremin (0.4); @seqs = $ 파서 -> get_seqs; # 더 많은 펩타이드 서열을 얻으려면 낮은 임계 값을 설정합니다 (그러나 # 더 잘못된 긍정적 인 긍정적 인 비용으로) $ Parser-> WordAbstscoremin (-1); @seqs = $ 파서 -> get_seqs; "@seqsn"을 인쇄하십시오; # 인쇄 : 'Eyhhynk RGD Acccgtna Vegfri'# 재설정 임계 값 뒤로 : $ Parser-> WordAbstscoremin (0.4); # 추상에 대한 더 많은 데이터를 얻으십시오 : $ abst = $ parser-> get_abst; "$ ABST -> {abstscore} n"을 인쇄하십시오. # 추상 점수, 간격 인쇄 "$ abst -> {abstmtext} n"; # '펩타이드 시퀀스 Eyhhynk와 Arg-Gly-ASP, # 그러나 AccCgtna 또는 VegFri'를 표시합니다. # 펩타이드 시퀀스 외에도 단어에 대한 더 많은 데이터를 얻으십시오 : @Words = $ Parser-> get_words; $ Word (@Words) {0,1] 간격 인쇄 "$ 워드 -> {WordAbstScore} n"; # arch-gly-asp, '인쇄 "$ word -> {wordorig} n"을 인쇄하십시오. # 1 글자 기호로 펩타이드 서열, 예를 들어 'RGD'인쇄 "$ 단어 -> {wordsequence} n"; } # 필수 입력 필드가 없습니다. 이것은 또한 작동하지만 낮은 점수를 줄 수 있습니다. $ = {Abstract => Q ,}; $ parser-> parse_abstract ($ in); @Words = $ Parser-> get_words; # 펩티드 시퀀스가 빈 입력에서 발견되지 않습니다 : $ in = undef; $ parser-> parse_abstract ($ in); @Words = $ Parser-> get_words; 요구 사항 : · Perl.

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